Jobs as Bioinformatikerin in Germany

Die CONGEN Biotechnologie GmbH ist ein Unternehmen im Bereich der molekularen Diagnostik. Wir entwickeln und produzieren komplette qPCR basierte Nachweisverfahren für klinische Applikationen sowie für die Agro/Food Analytik. Die Verfahren werden unter den Marken SureFood®, SureFast® und RIDA®GENE über unsere Vertriebspartner weltweit vertrieben. Darüber hinaus sind wir OEM-Lieferant für nukleinsäurebasierte Nachweissysteme im Bereich des Point-of-Care-Testing.

Wir suchen:

1 Mitarbeiter/in (w/m/d) für Bioinformatik und Software

39 h/Woche, unbefristet

Ihr Aufgabengebiet:

- Entwicklung und Implementierung von Datenbanken
- Administration und Wartung des Access-Datenbestandes
- Mitwirkung bei der Erstellung von Software-begleitender Dokumentation
- Mitwirkung bei der Software Validierung
- Arbeiten mit biologischen Datenbanken
- Durchführung der in silico-Analysen von DNA-Sequenzem

Unsere Anforderungen:

- Studium Bioinformatik oder vergleichbare Kenntnisse
- Kenntnisse im Programmieren mit MSSQL und Python
- mehrjährige Berufserfahrung ist wünschenswert
- kommunikativ, flexibel, sowie eine proaktive und strukturierte Arbeitsweise
- sichere Deutschkenntnisse
- gute Englischkenntnisse sind wünschenswert

Das können wir Ihnen bieten:

- eine interessante und abwechslungsreiche Beschäftigung
- eine angenehme Arbeitsatmosphäre, durch flache Hierarchien und direkte Kommunikation
- familienfreundliche und flexible Arbeitszeiten
- regelmäßige Teamevents & Firmenfeiern
- Vorteile des Arbeitsplatzes auf dem Campus Berlin-Buch

Bitte senden Sie uns Ihre schriftliche Bewerbung unter Angabe Ihrer Gehaltsvorstellung an die unten genannte Adresse oder per Email an [email protected].

CONGEN Biotechnologie GmbH

Headquarter Haus 55

Dr. Steffen Mergemeier

Robert Rössle Str. 10

13125 Berlin

Telefon: +49 30 9489 - 3500

Fax: +49 30 9489 - 3510

E-Mail: [email protected]

Für Rückfragen stehen wir unter den oben genannten Kontaktdaten zur Verfügung.

The University Hospital Heidelberg is one of the major healthcare centers in Germany. Our objective is the development of innovative diagnostics and therapies as well as their quick implementation for the patient. With about 14,000 employees in more than 50 specialized clinical departments with almost 2,500 beds, about 80,000 patients in part-time and full-time inpatient treatment as well as 1,000,000 patients in ambulant treatment are medicated each year.

Postdoctoral Position in Computational Neuropathology: Multi-Omics Data Integration (m/f/d)

wanted for the next possible date at the Neuropathology Department at Heidelberg University Hospital

Job-ID: V000013827

Field of application: Neuropathologie

Location: Heidelberg

Job Category: Science and teaching

Working hours: full-time (100 %)

Limitation: Temporary (24 Month, Permanent employment/continued employment is being sought)

Contract: TV-L

Are you interested in advancing research at the intersection of bioinformatics, computational neuropathology, and multi-omics integration? Join the team at Heidelberg University Hospital, renowned for its pioneering work in molecular diagnostics and home to one of the largest and most comprehensive databases of molecular, histopathological and clinical data in the world.

We are seeking a highly motivated Postdoctoral Researcher with expertise in large-scale omics data analysis to establish an innovative multi-omics data integration workflow. This unique position offers the opportunity to work at the forefront of molecular neuropathology and make a significant impact on the future of precision diagnostics and research in brain cancer and beyond.
As a key member of our interdisciplinary team, you will:

Harness a comprehensive dataset spanning digital pathology images, methylation profiles, DNA and RNA sequencing, proteomics, single-cell, and spatial transcriptomics data.
Develop and implement a scalable multi-omics analysis blueprint, combining existing tools with the development of innovative approaches (including state of the art deep learning applications) for efficient data integration.
Generate actionable insights to advance both diagnostic applications and fundamental research in neuropathology.
Establish a generalizable workflow for multi-omics data integration and interpretation that can easily be adapted for different tumor entities and applications.

A PhD in Bioinformatics, Computational Biology, or a related field
Proven experience in large-scale omics data analysis, preferably spanning multiple omics domains (e. g. methylation profiling, DNA / RNA sequencing, proteomics, single-cell or spatial transcriptomics, or digital pathology)
Strong programming (Python / R) and analytical skills, with proficiency in bioinformatics tools, statistics and machine learning. Experience with SQL databases is preferred
A creative and problem-solving mindset, capable of translating complex datasets into actionable workflows and meaningful biological insights
Excellent written and verbal communication with a proven ability to collaborate effectively in a multidisciplinary environment

Goal-oriented, individual training and development opportunities (e. g. multi-omics integration, computational proteomics, etc.)
Working with the latest techniques / technical equipment for molecular diagnostics and computational neuropathology, including bulk, single-cell and spatial sequencing, mass spectrometry based proteomics and digital pathology images
Flexible working hours within the framework of flexitime
Possibility of habilitation
Possibility to publish scientifically is offered and supported
Regular team meetings
Interdisciplinary cooperation with leading experts in the fields of neuropathology, molecular biology and computer science
Access to one of the most comprehensive molecular datasets available, integrating cutting-edge technologies
A vibrant academic setting in Heidelberg, one of Europe's top res...

Das Institut für Klinische Pathologie sucht für das Team der molekularpathologischen Diagnostik eine*n

Naturwissenschaftler*in / DataScientist (m/w/d)

Das sehr leistungsstarke, akkreditierte Institut bietet den Fachabteilungen unseres Klinikums sowie externen Partnerinnen ein maximales Untersuchungsspektrum im Fachgebiet Pathologie. Im Bereich der molekularpathologischen Diagnostik stehen modernste Labore und Technologien, insb. Hochdurchsatzverfahren der NGS- sowie Genexpressions-Analytik, zur Verfügung und werden den dynamischen wachsenden medizinischen Anforderungen konstant im Team erweitert. Für die molekularpathologische Komplex-Analytik in unterschiedlichsten Materialien (Geweben, Flüssigkeiten) im Rahmen des ZPM/DNPM/Modellvorhabens §64e suchen wir einen in der Sequenziertechnologie erfahrenen und Daten-technisch interessierten Naturwissenschaftler*in (m/w/d).

einen attraktiven und modernen Arbeitsplatz in einem interdisziplinären Team
eine abwechslungsreiche und verantwortungsvolle Tätigkeit
gute berufliche und persönliche Entwicklungsmöglichkeiten
Kinderkrippe und Kindertagesstätte für die "Kleinen" unserer Mitarbeiter*innen einen Arbeitsplatz in einer begehrten Region mit hohem Familien- und Freizeitwert

Ihre Aufgaben:

Mitwirkung bei Koordination der MV§64e-spezifischen Fallbearbeitung
Auswertung der Sequenzierdaten, Erstellung von Ergebnisberichten
Mitwirkung bei der Datensicherung/Datenspeicherung
Erstellung von Daten-Statistiken
Mitwirkung bei der Qualitätssicherung (DAkks Akkreditierung, IVD-R, Ringversuche)
Mitwirkung in den assoziierten Konsortialverbünden (insb. DNPM/Modelvorhaben §64e)
wissenschaftliche Zusammenfassung und Auswertung von molekularpathologischen Sequenzierergebnissen in Forschungsprojekten mit Erstellung von Präsentationen und Publikationen

ein erfolgreich abgeschlossenes naturwissenschaftliches Hochschulstudium (z.B. Lebenswissenschaften, Informatik)
Erfahrung mit molekularer Analytik (insb. in der Next-Generation Sequencing Technologie)
Erfahrung mit assoziierter Bioinformatik und Datenbankstrukturen der Hochdurchsatzsequenzierung
selbstständige und strukturierte Arbeitsweise nach Einweisung
Engagement und Verantwortungsbereitschaft, eine hohe Motivation sowie Kommunikations- und Teamfähigkeit

Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet.

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (gn*) Bioinformatik / Biotechnologie

Unbefristet | in Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden | Vergütung nach TV-L | Institut für Medizinische Mikrobiologie | Kennziffer 10348

Wir sind das UKM. Wir haben einen klaren gesellschaftlichen Auftrag und mit der Verbindung von Krankenversorgung, Forschung und Lehre eine besondere gesellschaftliche Verantwortung.

Damit wir unserem hohen Anspruch tagtäglich gerecht werden, freuen wir uns auf Deine fachliche Kompetenz im Institut für Medizinische Mikrobiologie - am besten mit DIR!

Aufbau einer Diagnostik-Infrastruktur zu „microbial cell free DNA sequencing“; Unterstützung bei der Etablierung neuer DNA-basierter Diagnostika
Aufbau einer Sequenzierplattform (Oxford Nanopore) zur schnellen Vorhersage von Antibiotikaresistenzen (z.B. Mycobacterium tuberculosis)
Vernetzung mit bestehenden Sequenzierplattformen an der Medizinischen Fakultät (z.B. Institut für Hygiene)
Etablierung einer Metagenomic-Plattform für Forschung und Routinediagnostik (Oxford Nanopore)
Vernetzung mit dem „Medical Data Integration Center“ (MeDIC) in Münster, um Patientendaten im Rahmen von KI-Projekten für die mikrobiologische Diagnostik nutzbar zu machen.

Abgeschlossenes Studium in Bioinformatik/Biotechnologie
Kenntnisse in Scriptsprachen wie z.B. Python und der Linux-Kommandozeile (Bash)
Erfahrung mit bioinformatischen Pipeline-Systemen wie Nextflow oder Snakemake wünschenswert
Erfahrung in der Auswertung von Next- oder Third-Generation-Sequencing-Daten wünschenswert
Gute Deutsch- und Englischkenntnisse
Motivation, Eigeninitiative und Verantwortungsbewusstsein

Attraktiver Arbeitsplatz an der Schnittstelle zwischen Patientenversorgung und Forschung
Mitarbeit in einem interdisziplinären Team und in enger Kooperation mit externen Kooperationspartnern
Möglichkeit, einen zukunftsträchtigen und innovativen Bereich in der molekularen Diagnostik zu gestalten und aufzubauen.

BESTE BEDINGUNGEN:

Spannende Projekte
Fort- und Weiterbildung
Interdisziplinäre Zusammenarbeit
Teil der Forschungsinnovation
Weitere Vorteile

The research data management initiative German Human Genome-Phenome Archive (GHGA) is part of the national program for research data infrastructure (NFDI) and acts as a national node within the federated European Genome-phenome Archive (EGA) and the European Genomics Data Infrastructure (GDI). As a key component within the German research infrastructure landscape, GHGA develops and operates software tools for secure data and metadata storage, interactive data portals with data visualization, and streamlined data deposition and acquisition solutions. GHGA is also a key infrastructure provider for the German National Genome Sequencing project genomDE / MV GenomSeq.
Data Steward / Bioinformatician (scientific staff, E13 TV-L, 100%) We are looking for a Data Steward / Data Manager with a bioinformatics background to operate the data management system within GHGA, GDI and the MV GenomSeq. As part of the role, you will take responsibility to moderate day-to-day activities on the data portal, interact with customers/data submitters and users, optimize and extend existing operation protocols, and also guide the product development by incorporating user feedback for new versions of the GHGA toolset. The successful candidate will be part of an interdisciplinary research and data management team developing and applying a diverse range of state-of-the-art methodology to implement and maintain bioinformatics workflows in a cloud compute environment. The role will involve close cooperation with other partners in the GHGA network, within GDI and the MV GenomSeq.

As a recently launched project, GHGA offers its employees room to shape the project implementation from the start. Your input will help GHGA reach its mission to make omics data in Germany more accessible and help drive German genome research forwards, nationally and internationally. Your expertise will define standards within Germany and allow Germany to be a strong player within international efforts.
Your responsibilities:

Identification of suitable datasets and analysis of their potential for data sharing
Quality control of datasets and preparation of data and metadata for submission
Development and implementation of data security concepts, including risk management
Development and implementation of SOPs for data management of human omics data as part of the GHGA infrastructure
Strategy and processes for data ingest, metadata validation and quality control of data
Handling of data access requests and managing the necessary legal processes
Presenting and disseminating data management concepts within the consortium and at (inter)national conferences
Establishment of data-driven quality control strategies
Closely follow the field of secure data handling and sharing and interaction with international initiatives such as the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH)

Master's degree or equivalent qualification in bioinformatics, computational biology, biological science, computer science, physics, mathematics, engineering, or other fields, possibly with a PhD degree
Demonstrated experience and expertise in the development of data management / data curation concepts is expected
Expertise in NGS, (human) omics data, data security and data privacy is beneficial, as is communicating results and ideas to colleagues and (inter)national collaboration partners
Proficiency with UNIX-based systems and relevant programming languages such as Python or R is a prerequisite
Experience with the development and implementation of structured metadata using modeling languages such as LinkML and JSON Schema is beneficial
Expertise in software development and cloud computing is beneficial
Excellent collaboration and communication skills in English

The ideal applicant should have demonstrated the ability to work independently and creatively. The candidate should have excellent communication skills and be able to articulate clearly the technical needs, set clear goals and work ...

The Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften - ISAS - e. V. develops efficient analytical methods for health research. Thus, it contributes to the improvement of the prevention, early diagnosis, and therapy of diseases like cardiovascular diseases, autoimmune diseases or cancer. Overall, the institute strives to advance precision medicine by combining knowledge from different fields such as biology, chemistry, pharmacology, physics, and computer science. ISAS is a member of the Leibniz Association and is publicly funded by the Federal Republic of Germany and its federal states.

This position will be to fulfill the work outlined in the consortium project ‘B2B-RARE: Bench to bedside - Mechanisms of rare diseases and personalized treatment’, funded by EFRE-NRW.
Scientist / Postdoc (m/f/d): Multidimensional omics data analysis
Bioinformatics data analysis
Biostatistical data analysis
Data integration and analysis using knowledge graphs
Linkage of omics data with pathogenesis and drugs

Ph.D. degree in bioinformatics (or a similar subject)
Experience in programming languages such as Java or Python is required
Experience in databases (e.g., neo4J) is required
Understanding biomedical research and knowledge of biochemical processes
Good presentation and writing skills
Proactive, independent and solution-oriented way of working
Fluent English (spoken and written)

Scientific development opportunities in an international cooperative, interdisciplinary research environment and an excellent working atmosphere in a very dynamic and professional team
Extensive state-of-the-art equipment and infrastructure
The opportunity to present your data on international conferences and participate in workshops
A wide range of opportunities for further training and qualifications
Flexible working times, mobile working and attractive social benefits
Support in finding balance between work and family life (including finding childcare facilities, advice on caring for relatives) through a family service
Workplace health promotion and support for participation in TU Dortmund University sports activities

The Fraunhofer-Gesellschaft currently operates 76 institutes and research units throughout Germany and is a leading applied research organization. Around 32 000 employees work with an annual research budget of 3.4 billion euros.

A new working group in the field of clinical microbiome research currently being established at the Fraunhofer-Institute for Translational Medicine and Pharmacology ITMP in Frankfurt am Main. This group encompasses a research platform focused on the development of microbiota-based therapies. Within this group, the bioinformatic analysis of data sets and, in particular, the development of prediction models for complex microbial communities and their interactions will play a central role. Accordingly, we are looking for a bioinformatician as a postdoc to support our interdisciplinary team.

Bioinformatician / Postdoc - Microbiome Research Microbiome analysis and integration of -omics and clinical data

Fusion and integration of -omics data with clinical data
Complementary metagenomic analysis of existing samples from biobanks and collections
Execution of statistical and bioinformatic analyses of complex data sets in a medical context

Development of new bioinformatic tools and analysis strategies

Application of established bioinformatics tools and solutions, including those for predicting nutrient competition among microorganisms and other mechanisms of colonization resistance
Development of new analysis strategies, tools, and predictive models to support the group’s objectives
Validation and benchmarking of these tools and models using various data sets
Application of the developed solutions to identify potential Live Biotherapeutic Products (LBPs)

Support of the working group

Organization and management of data from microbiome studies, including quality assurance and data preparation
Documentation, visualization and publication of research findings in scientific journals as well as presentation in lectures and conferences
Assistance in securing third-party funding and preparation of grant proposals for clinical studies

A scientific degree in bioinformatics, biology, or a comparable field and a completed PhD or (at the time of application) submitted PhD, ideally with a strong focus on health sciences
Solid knowledge of programming languages such as Python, R and Bash; additional experience with high-performance computing (HPC) is an advantage
Experience in analyzing of sequence data (e.g., tools like QIIME2, MetaPhlAn, Kraken or HUMAnN) and proficiency with MS Office
Understanding of microbiological or molecular biological fundamentals
Interest in the human microbiome and clinical research
Advantageous: Experience in project and data management
Good command of German and English (spoken and written)
A high level of initiative and team spirit

Opportunity for scientific work in a highly innovative and patient-relevant topic
Integration into a competent, friendly, and committed team
A collegial work atmosphere and the freedom to implement your own ideas
Flexible working hours (flexitime model), remote work options, as well as various support measures to balance private life and career
Excellent professional and personal development, opportunities through a variety of internal training programs
30 days paid annual leave, plus Christmas and New Year's Eve as company holidays
Personal retirement benefits (VBL) and additional (social) benefits of public service, such as annual special payment
Capital-forming benefits
Subsidies for public transport (Deutschlandticket)
Corporate benefits: offers from well-known manufacturers and brands
Access to the extensive Fraunhofer network

Für die Koordination/Administration der fortschreitenden Labor-Digitalisierung und insbesondere der Etablierung eines Elektronischen Laborbuchs benötigen wir im Bereich Data Management tatkräftige Unterstützung. Du koordinierst mit unserem externen Dienstleister die Planung und Umsetzung des Projektes. Deine aufgeschlossene und innovative Einstellung zu neuen Lösungsansätzen sowie herausragende Kommunikation mit Kollegen sorgt für einen reibungslosen Übergang zu einem digitalen Labor. Durch deine Erfahrungen im Bereich der Datenmigration, Aufsetzen von API-Einbindungen und Erstellung von Automatisierungsskripten kannst du die kontinuierliche Weiterentwicklung des Systems voranbringen.
Administrator/Koordinator Labor Digitalisierung (m/f/d)
Vollzeit - Mainz
Du koordinierst die Einführung und Weiterentwicklung eines Elektronischen Laborbuchs
Du unterstützt bei der Datenmigration und Geräteeinbindung
Du bist in der Lage, API-Einbindung von anderen Systemen (wie z.B. ERP, QM) an das Elektronische Laborbuch vorzunehmen
Du hast Freude daran, neue Workflows und Automationen zu erstellen sowie deren Dokumentation zu pflegen
Du unterstützt und berätst die Nutzer bei täglichen Prozessen rund um das Thema Labor-Digitalisierung
Du lebst Team-Arbeit

Ein erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Studium in Bio-Informatik, Biologie, Biotechnologie oder eine vergleichbare Qualifikation mit entsprechender Berufserfahrung
Erfahrungen in der Verarbeitung biologischer Daten sowie mit einem Elektronischen Laborbuch oder mit Labor-Informations-Management-Systemen
Gute Kenntnisse in gängigen Programmiersprachen
Einen sicheren Umgang mit diversen Datenbanken
Eine selbstständige, effiziente und professionelle Arbeitsweise sowie eine hilfsbereite Einstellung
Gute kommunikative und organisatorische Fähigkeiten
Gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift
Erste Erfahrungen im Projekt-Management sind von Vorteil

Begeisterung und Neugier für die vielseitigen Tätigkeiten unseres Forschungsinstituts sowie eine ausgeprägte Teamfähigkeit runden dein Profil ab.
Ein dynamisches, innovatives und kreatives Forschungsumfeld
Eine offene, kollegiale und herzliche Arbeitsatmosphäre in einer respektvollen Unternehmenskultur
Eine ausgeprägte Diversität in der Belegschaft
Flache Hierarchien
Eine leistungsorientierte Vergütung und weitere Benefits
Die Möglichkeit zu individueller Weiterbildung
Gute Verkehrsanbindung mit ÖPNV und Auto sowie Fahrradabstellplätze
Die Gelegenheit, tageweise mobil zu arbeiten

TRON ist ein international anerkanntes Institut für anwendungsorientierte Forschung in der Rechtsform einer gemeinnützigen GmbH. Wir kombinieren die Stärken von akademischer Forschung mit den Anforderungen qualitätskontrollierter industrieller Entwicklungen. Am TRON teilen wir die gemeinsame Mission, innovative Lösungen zur immuntherapeutischen Behandlung von Krebs, Infektionskrankheiten und anderen schweren Erkrankungen mit hohem medizinischem Bedarf zu entwickeln.

TRON wurde im Jahr 2010 in Mainz gegründet und arbeitet in enger Kooperation mit Universitäten und Kliniken sowie mit regional, national und international tätigen Forschungseinrichtungen und Unternehmen der pharmazeutischen Industrie zusammen.

Als Teil unseres Teams hast du die Möglichkeit, mit uns an der Spitze translationaler Wissenschaft zu stehen.

Düsseldorf University Hospital (UKD) is the largest hospital in the state capital and one of the most important medical centers in North Rhine-Westphalia. The 9,300 employees at UKD and its subsidiaries are committed to treating over 45,000 inpatients and 270,000 outpatients every year. The UKD stands for international excellence in patient care, research and teaching, as well as for innovative and safe diagnostics, therapy and prevention. Patients benefit from the intensive interdisciplinary cooperation between the 60 clinics and institutes. The particular strength of the University Hospital is the close integration of clinical and research work for the safe application of new methods. Tomorrow's medicine is being created at the UKD. Every day.

The Department of Rheumatology and Hiller Research Center from the Heinrich-Heine-University and University Hospital Düsseldorf invites applications for a:

Bioinformatician / Statistician (m/f/d) - OMICs in rheumatic diseases, statistical evaluation of clinical databases, planning for clinical trials

We are seeking a highly motivated bioinformatician / statistician with experience in all of the following areas:

the evaluation of different OMICs datasets (including bulk and sc RNASeq, imaging mass cytometry, cyclic in situ hybridization, spatial transcriptomics), the integration of different OMICs
statistical evaluation of biomedical databases, if possible, with pre-experience in rheumatologic diseases
statistical planning (e.g. power calculations) for clinical trials
Programming in different computer languages, i.p. “R”
Presentation of the results: Publications, oral presentations
The major goal of our group is to characterize pathogenic mechanisms of chronic inflammatory diseases associated with tissue remodeling, and to identify novel treatment strategies for these diseases.

We are an international research group with members from different backgrounds, including biologists and clinicians, and with close collaborations with researchers from other fields such as bioinformatics, which ensures an interdisciplinary environment. We have unrestricted access to state-of-the-art technologies including next generation sequencing, mass cytometry, advanced imaging techniques. The position is evaluated according to E 13 Tv-L. In accordance to the employment prerequisites of § 44 Abs. 4 Hochschulgesetz NRW, the applicant should have a PhD degree at the time of application, or be in the concrete finalizing stages, with the perspective of obtaining the PhD degree within six months after application.

The employment contract is concluded with Heinrich Heine University.

Heinrich Heine University Düsseldorf aims to increase the proportion of women. Applications from women with equal suitability, qualifications and professional performance will therefore be given preferential consideration, unless reasons relating to the person of a competitor outweigh this. The application of suitable severely disabled persons and persons with equivalent disabilities according SGB IX is welcome.

Düsseldorf University Hospital (UKD) is the largest hospital in the state capital and one of the most important medical centers in North Rhine-Westphalia. The 9,300 employees at UKD and its subsidiaries are committed to treating over 45,000 inpatients and 270,000 outpatients every year. The UKD stands for international excellence in patient care, research and teaching, as well as for innovative and safe diagnostics, therapy and prevention. Patients benefit from the intensive interdisciplinary cooperation between the 60 clinics and institutes. The particular strength of the University Hospital is the close integration of clinical and research work for the safe application of new methods. Tomorrow's medicine is being created at the UKD. Every day.

A central aspect of the CARDDIAB research network is the investigation of metabolic dysfunctions and their relationship with cardiovascular diseases. To investigate cardiometabolic interactions between the organs, high-throughput data are collected from dedicated cohorts. The aim is to gain insights into previously poorly understood cardiometabolic aspects, particularly in the development of diabetes.
The research group “Algorithms of Cardiometabolic Fluxomics” in the Department for Endocrinology and Diabetology at the Medical Faculty develops computational methods for the analysis of multimodal data (genome, transcriptome, epigenome, proteome, metabolome) and is looking for a highly motivated and talented
Postdoctoral Researcher (m/f/x) in Bioinformatics

full-time (100% TV-L E13)
Employment will start as soon as possible and last for 21 months with possible extension.
Carry out cutting edge research in bioinformatics and medical data science
Develop bioinformatics tools for the analysis of Capture Hi-C sequencing data in a longitudinal study
Analyze single-cell sequencing data for the reconstruction of cell lineages
Contribute to a collaborative and interdisciplinary research initiative at the intersection of bioinformatics and medical research.

Doctoral degree/Ph.D. in bioinformatics/computational biology, or related areas
Experience with RNA-seq / HI-C / ChIP-Seq data analysis
Programming skills with Python or R
Good track record of scientific publications
Good communication skills (English)
Interest in interdisciplinary collaboration
Independent, responsible and committed work attitude

Desirable qualifications:

Successful interdisciplinary research collaborations
Organizational and coordination skills
First experiences in raising third-party funds
Experience in supervising student projects and Bachelor/Master theses
International research experience / working experience abroad

The position is based on the German Academic Fixed-Term Contract Act (WissZeitVG according to § 2 p. 2), initially for a fixed term of 21 months until the end of the project with the possibility of extension
Remuneration according to TV-L E13
Space for personal responsibility, creativity and personal development
Flexible and family-friendly working time models
Childcare options in a UKD day-care center and offers for those returning from parental leave
38,5 (100%) working hours per week
Inexpensive catering options on the UKD site
Company pension scheme (VBL supplementary pension in the public sector)

DZNE is a world-leading, internationally oriented center for cutting-edge research into diseases of the nervous system. With its outstanding research personalities and state-of-the-art infrastructure, it offers the best conditions for publications and results at the highest level.

Around 1,200 employees at 10 locations in Germany are working together on new approaches to better understand and effectively combat diseases such as Alzheimer’s, Parkinson’s, and ALS.

That is our goal - maybe soon yours too? Become part of the DZNE and support us in realizing our research strategy!

Postdoctoral Researcher (f/m/x) in Bioinformatics

Code 1385/2025/1
The Capasso lab is seeking a collaborative and self-motivated bioinformatician / computational biologist to join a team of cell and molecular biologists working on the immune system and its changes in aging and neurodegeneration. The projects will focus on interrogating and integrating existing transcriptome, translatome, and proteome datasets generated from genetically engineered mouse models, with a specific focus on regulation of mRNA translation downstream mTOR activation in microglia. This program of work is based on published / unpublished studies from the team.

Expertise in applied bioinformatics / computational biology is required, and knowledge of statistics would be an advantage
A PhD in bioinformatics, computational biology, or a related subject is essential, preferably with a focus on gene expression
Previous experience in bioinformatics analysis applied to regulation of mRNA translation is highly desirable
Collaborative and proactive attitude

Innovation and internationality - a forward-looking infrastructure, modern laboratory and office equipment, software tools, and the opportunity for international exchange with your colleagues from 65 nations

Work-life balance - we reconcile work and private life with flexible working hours, home office, 30 days’ holiday (on top free on Christmas Eve and New Year’s Eve) and subsidized job / Germany ticket options

Family-conscious corporate culture - because we know that family is important, we support you with parent-child offices, family services, and daycare co-operations

Health promotion - through our extensive range of company health programs, in cooperation with Sozialwerk.Bund

Focus on development - training programs tailored to your individual needs and annual HR-development meetings for concrete prospects and potential development

Remuneration and conditions according to TVöD-Bund - including annual special payment, capital-forming benefits, and VBL supplementary pension scheme

Personalized onboarding - for a good start to your new professional challenge

A feel-good working environment - our Bonn employees enjoy a campus surrounded by greenery, with on-site parking and public transport connections as well as our company restaurant

Wir sind spezialisierter Dienstleister im Bereich des Klinischen Data Managements mit Sitz in Gladenbach, Hessen und arbeiten seit vielen Jahren erfolgreich mit Kunden aus der Pharmabranche, mit Medizinern in der Forschung sowie mit externen Auftragsforschungsinstituten.

Esculape bietet schwerpunktmäßig ein unabhängiges Datenmanagement mit ganzheitlichem Blick auf Ihre Daten und den Erfolg einer Studie.

So unterstützen wir z.B. bei der CRO-Auswahl, begleiten beim Set-Up der Studie und kümmern uns um die Datenintegrität und -qualität von Beginn bis Abschluss der Studie.
Überblicken und Umsetzen sämtlicher Data Management Aktivitäten vom Set-Up bis zum Abschluss der Studie
Entwicklung und Umsetzung von Data Management Plänen und unterstützender Dokumente
Entwicklung und Validierung elektronischer Datenerfassungssysteme (EDC)
Koordinierung mit Studienteams, Prüfern und externen Anbietern, um eine rechtzeitige und genaue Datenerfassung und -eingabe zu gewährleisten
Durchführung von Datenbereinigungs- und Qualitätskontrolltätigkeiten
Gewährleistung der Einhaltung der geltenden Vorschriften (i.e. ICH E6 GCP, GCDMP)
Zusammenarbeit mit Biostatistikern und Statistikprogrammierern zur Erstellung von Berichten, Tabellen und Listen für die Datenanalyse und -auswertung.
Erstellung von Data Listings

Kenntnisse der Grundsätze und Praktiken des Datenmanagements bei klinischen Prüfungen sowie der gesetzlichen Anforderungen
Kenntnisse im Umgang mit klinischen Datenverwaltungssystemen und elektronischen Datenerfassungssystemen (EDC) (gerne RAVE, Viedoc, RedCap, OpenClinica)
Solides Verständnis von Datenbankdesign, Datencodierung und Datenvalidierungstechniken
Ausgezeichnete Detailgenauigkeit und Problemlösungskompetenz sowie die Fähigkeit, Datenabweichungen zu erkennen und zu beseitigen
Ausgeprägte Organisations- und Projektmanagementfähigkeiten zur effektiven Verwaltung mehrerer Projekte gleichzeitig
Gerne Beherrschung der Verwendung von Statistiksoftware wie SAS oder R für die Datenanalyse und Berichterstattung
Hervorragende kommunikative und zwischenmenschliche Fähigkeiten, um mit funktionsübergreifenden Teams und externen Interessengruppen zusammenzuarbeiten
Vertrautheit mit Standards für klinische Daten, wie z. B. CDISC (Clinical Data Interchange Standards Consortium), ist von Vorteil
Kenntnis der rechtlichen Anforderungen
Ausgeprägtes ethisches und professionelles Verhalten zur Gewährleistung von Datenschutz und Vertraulichkeit

faire Vergütung
Home-Office
Fort- und Weiterbildungen
Parkplatz / gute Verkehrsanbindung
Flexible Arbeitszeiten / Teilzeit möglich
Events und Teambilding
also all die normalen Sachen, die man so erwarten darf - inkl. einem tollen Team, einer offenen Arbeitsatmosphäre, bei uns darf man Mensch sein und wir arbeiten gerne zusammen

Über ITM

Bei ITM Isotope Technologies Munich SE entwickeln, produzieren und vertreiben wir zielgerichtete diagnostische wie auch therapeutische Radiopharmazeutika sowie Radioisotope für die Krebsbehandlung auf globaler Ebene. Unsere Mission bei ITM besteht darin, den Behandlungserfolg und die Lebensqualität von Krebspatient*innen durch die Entwicklung von zielgerichteten Radionuklidtherapien im Bereich der Präzisionsonkologie maßgeblich zu verbessern.

Zur Verstärkung unseres Teams suchen wir zum nächstmöglichen Zeitpunkt in Garching bei München und in Neufahrn bei Freising in einem hybriden Arbeitsmodell unbefristet einen

Lab IT Manager in der Qualitätskontrolle (f/m/d)
Wartung und Weiterentwicklung unseres Laborinformationssystems, wie Qualifizierung, Validierung sowie einfache Programmiertätigkeiten
Betreuung von Geräte-Applikationssoftware an zwei Standorten: Durchführung von Qualifizierungs- und Validierungstätigkeiten, Ansprechpartner (f/m/d) für die Anwender bei Problemen / Fehlern, Kontakt zu Herstellern
Lifecycle-Management und Verwaltung der bestehenden Geräte im Labor sowie deren Applikationssoftware, z. B. MassHunter und Chromeleon
CSV von Applikationssoftware für analytische Gerätschaften inklusive Dokumentation nach gültigen Richtlinien
Schnittstelle zur IT-Abteilung
Validierung von Excel-Datenblättern

Erfolgreich abgeschlossenes naturwissenschaftliches Studium oder entsprechende Ausbildung, gerne mit praktischer Erfahrung in der Pflege von Laborinformationssystemen in der pharmazeutischen Industrie
Grundlegende Programmierkenntnisse (LIMS Basic, SQL, Schnittstellenprogrammierung etc.) wären wünschenswert
Gute GMP-Kenntnisse sind hilfreich
Gute EDV-Kenntnisse und IT-Affinität
Analytischer Background erwünscht
Sehr gute Kommunikationsfähigkeit in deutscher und englischer Sprache
Selbstständige, strukturierte und gewissenhafte Arbeitsweise

Spannende Herausforderungen in einem aufstrebenden und schnell wachsenden Unternehmen mit hohem Gestaltungsspielraum
Eine offene Arbeitsatmosphäre in einer internationalen Unternehmenskultur mit kurzen Kommunikationswegen
Umfangreiches Onboarding-Programm
Eine flexible Arbeitszeitgestaltung mit Home-Office-Möglichkeiten
Attraktive Sonderzahlungen
Einfach nur gutes Gehalt? Nicht bei uns! Wir bieten Ihnen zusätzlich:

Mitarbeiterbeteiligungsprogramm
JobRad oder Zuschuss zum Jobticket
Überdurchschnittlicher Zuschuss zur betrieblichen Altersvorsorge
Individuell abgestimmtes Weiterbildungsangebot (u. a. Deutsch- und Englischkurse)
Angebote im Bereich Gesundheitsförderung (z. B. EGYM Wellpass, Zuschuss zum lokalen Fitnessstudio, Förderung von Sportveranstaltungen, verschiedene Lifestylecoachings)

Für unseren Kunden bieten wir für den Standort in Biberach unter der Chiffre-Nr. 1862 zur langfristigen Arbeitnehmerüberlassung ab sofort eine Stelle als

Informatiker (m/w/d)

Stellen-ID: 1862

Darauf dürfen Sie sich freuen:

- Den Einstieg bei einem der weltweiten TOP-Unternehmen
- Eine anspruchsvolle und verantwortungsvolle Tätigkeit
- Gleiches Entgelt wie in Festanstellung ab dem 1. Arbeitstag (ca. 70.800 € p.a. inkl. Jahressondergratifikation)
- Persönliche Betreuung durch feste Ansprechpartner
- Arbeiten im Home - Office nach Absprache teilweise möglich
- Einen sicheren und langfristigen Arbeitsplatz mit sehr guten Übernahmechancen
- Ein faires und vertrauensvolles Miteinander

Stelleninhalte:

- In Ihrer neuen Rolle arbeiten Sie in internationalen, interdisziplinären Projektteams auf die gemeinsame Zielerreichung hin und schlüpfen in die verantwortungsvolle Rolle als Teilprojektleiter
- Sie sind außerdem verantwortlich für die Betreuung und Weiterentwicklung komplexer IT-Systeme im (non-) GMP-Umfeld
- Hierzu gehört die Fehleranalyse, Systemanpassungen, die Durchführung von Funktionstests und die anschließende Dokumentation
- Darüber hinaus sind Sie zuständig für die Evaluierung und Etablierung neuer innovativer IT-Lösungen in enger Zusammenarbeit mit den Anwendern der Abteilung „Pharmazeutische Entwicklung“
- Als Prozessexperte fungieren Sie als Bindeglied zwischen der Fachabteilung, den IT-Experten und externen Partnern
- Die Unterstützung der Wissenschaftler bei der Analyse komplexer Daten rundet Ihren neuen Aufgabenbereich ab

Anforderungen:

- Abgeschlossenes Masterstudium der Informatik, abgeschlossenes Bachelorstudium der Informatik mit mindestens 2 Jahren Berufserfahrung oder eine vergleichbare Qualifikation
- Einige Jahre Erfahrung mit den Computersystemen Signant Health SmartSignal Supplies - GxP Inventory, Loftware Prisym360, Körber PAS-X, SAP Module PPI, MM, (E)WM
- Erste Erfahrungen mit Computerized System Validation und den dazugehörigen Regularien wie GxP, 21 CFR Part 11 und ISPE GAMP 5 & Cloud Verwaltung
- Erste Erfahrungen im Bereich Pharmazeutisches Prozesswissen zu den Bereichen Formulierungsentwicklung, Prozessentwicklung, GMP-Herstellung klinischer Prüfmuster und deren Distribution
- Nachgewiesene Erfahrung mit Datenstrukturen, Techniken zur statistischen Datenanalyse, sowie Expertise in aktuellen Programmiersprachen wie z.B. Python und R
- Starker Teamplayer mit der Fähigkeit zu agilem und fokussiertem Arbeiten in cross-funktionalen Teams
- Soziale, kommunikative und methodische Kompetenz in Verbindung mit einer strukturierten, zielorientierten und eigenständigen Arbeitsweise
- Fähigkeit komplexe Zusammenhänge zu analysieren und zu transferieren
- Sehr gute deutsche und englische Sprachkenntnisse in Wort und Schrift

Für nähere Informationen zur ausgeschriebenen Stelle steht Ihnen gerne Herr Michael Zauner telefonisch unter der Tel. Nr. 0751-359019-0 zur Verfügung. Ihre Bewerbung senden Sie bitte per E-Mail (Anhänge/Anlagen können ausschließlich im Dateiformat PDF akzeptiert werden) an [email protected]

Ihre Bewerbungsdaten werden zum Zweck einer späteren etwaigen Einstellung oder Vermittlung gespeichert. Mehr dazu erfahren Sie in unserer Datenschutzerklärung unter www.agento.eu

Die Ludwig-Maximilians-Universität München ist eine der führenden Universitäten in Europa mit einer über 500-jährigen Tradition. Sie steht für anspruchsvolle akademische Ausbildung und herausragende Forschung.

Einrichtung Medizinische Fakultät - Pathologisches Institut

Vergütung TV-L E13

Umfang Teilzeit (65%)

Besetzungsdatum Zum nächstmöglichen Zeitpunkt

Bewerbungsfrist 23.02.2025

Das sind wir:

ist am Pathologischen Institut der LMU angesiedelt, im lebendigen Herzen Münchens (Thalkirchner Str. 36, 80337 München). Wir sind ein dynamisches und interdisziplinäres Team von Krebsforschern mit einer Leidenschaft für die klinische Translation. Unsere Arbeit kombiniert modernste multidimensionale Tumorcharakterisierung, fortschrittliche klinische Modellsysteme, Bioinformatik und KI. Das Labor wird von der Deutschen Krebshilfe (Max-Eder-Programm) gefördert. Mehr über uns erfahren Sie .

Wir suchen Sie:

PhD in Clinical Cancer Biology and Bioinformatics (m/w/d)

am Standort München

Das sind Ihre Aufgaben:

- Erlangen Sie Einblicke in die Laborarbeit und analysieren Sie Daten aus Single-Cell-Techniken (snRNA-seq, 10x Genomics) sowie räumlichen Biologie-Methoden (sequenzielle Immunfluoreszenz mit Lunaphore COMET; räumliche Transkriptomik mit Xenium, 10x Genomics).
- Durchführen und Analysieren von Illumina-basierten Next-Generation-Sequenzierungen (Novaseq XP)
- Übernehmen Sie eine führende Rolle bei der Analyse quantitativer biologischer Daten und unterstützen Sie andere bei deren Interpretation.

Das sind Sie:

- Ein Masterabschluss (oder gleichwertig) in Bioinformatik, Informatik, Physik, Immunologie, Molekularbiologie, Biomedizin oder verwandten Naturwissenschaften
- Erfahrung in Molekularbiologie und Next-Generation-Sequenzierung
- Umfassende Kenntnisse in der quantitativen Datenanalyse und Programmierfähigkeiten in relevanten Sprachen (z. B. R und/oder Python)
- Sehr gute Englischkenntnisse
- Eine offene und kommunikative Persönlichkeit mit ausgeprägten Teamfähigkeiten
- Kritisches Denkvermögen und die Fähigkeit, selbstständig zu arbeiten.

Das ist unser Angebot:

- Kooperationsmöglichkeiten mit Forschungsgruppen im Bereich Maschinelles Lernen sowie KI-Startups
- Umfassende Einarbeitung in einer unterstützenden, interaktiven und dynamischen Forschungsumgebung
- Zugang zu modernster Infrastruktur
- Flexible Arbeitszeiten
- Nutzung professioneller Karriereentwicklungsangebote der LMU
- Kostenlose Parkmöglichkeiten und ein zentral gelegener Arbeitsplatz in München, in einem lebendigen Viertel mit exzellenter Anbindung an den öffentlichen Nahverkehr.

Wir begrüßen Bewerbungen von Menschen aller Hintergründe und schätzen Vielfalt.

Schwerbehinderte Personen werden bei im Wesentlichen gleicher Qualifikation bevorzugt.

Kontakt:

Bitte senden Sie Ihre Bewerbungsunterlagen an Dr. Dr. Andreas Mock: [email protected] (https://mailto:[email protected])

Wir freuen uns auf Ihre vollständige Bewerbung (ein PDF, max. 2MB), die folgende Unterlagen enthält:

- 1. Lebenslauf (max. zwei Seiten, in englischer Sprache)
- 1. Notenübersicht
- 1. Kurzes Motivationsschreiben zu Ihrem Forschungsinteresse und den Gründen für Ihre Bewerbung (max. eine Seite)
- 1. Kontaktdaten von drei Referenzen und deren Beziehung zu Ihnen (eine Referenz sollte der Betreuer bzw. die Betreuerin Ihrer Masterarbeit sein)

Wo Wissenschaft alles ist.

An der LMU arbeiten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler auf höchstem Niveau an den Zukunftsfragen um Mensch, Gesellschaft, Kultur, Umwelt und Technologie, unterstützt durch kompetente Beschäftigte in Verwaltung, IT und Technik. Werden Sie Teil der LMU München! (https://www.lmu.de/de/die-lmu/arbeiten-an-der-lmu/index.html)

Im Rahmen Ihrer Bewerbung auf eine Stelle an der LMU übermitteln Sie personenbezogene Daten. Beachten Sie bitte hierzu die Datenschutzerklärung der LMU (https://www.lmu.de/de/footer/datenschutz/index.html)  für den Internetauftritt. Durch die Übermittlung Ihrer Bewerbung bestätigen Sie, dass Sie die Datenschutzinformationen zur Kenntnis genommen haben und mit der Datenverarbeitung im Rahmen des Auswahlverfahrens einverstanden sind.

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Geschwister-Scholl-Platz 1
80539 München