Genomics Data Scientist (f/m/x) (Bioinformatiker/in)

Randstad ist einer der weltweit führenden Personaldienstleister mit
dem Ziel, so spezialisiert und so fair zu werden wie kein anderes
Unternehmen in der Welt der Arbeit. Durch die Unternehmensstrategie
„partner for talent” finden, fördern und verbinden wir
spezialisierte Talente mit Unternehmen – weltweit, vor Ort und immer
mit hoher Geschwindigkeit. Wir schaffen leistungsfähige, vielfältige
und agile Teams und unterstützen jeden Einzelnen dabei, eine
erfolgreiche Karriere mit gleichen Chancen zu erreichen.

Randstad Professional ist eine der vier Spezialisierungen von
Randstad und konzentriert sich auf die Vermittlung von Fach- und
Führungskräften in den Zukunftsbranchen IT, Engineering, Life
Science und Office.

Zeit für Veränderungen – Zeit für einen neuen Job! Sie sind auf
der Suche nach einer neuen beruflichen Herausforderung? Randstad
Professional hat, was Sie suchen: Einen sicheren Arbeitsplatz,
attraktive Benefits und einen Job mit spannenden Aufgaben
im Pharma-Sektor.



- Mitarbeit bei der Implementierung der Datenerfassung aus
Laborgeräten und - experimenten gemäß den FAIR-Datenstandards
(Findeable, Accessible, Interoperable and Reusable)
- Entwicklung und Pflege von Datenerfassungsprotokollen und
Datenmodellen für wissenschaftliche Daten
- Zusammenarbeit mit Laborexperten, Data Scientists, Analysten und
anderen Stakeholdern, um den Bedarf im Bereich Data zu decken
- Überwachen, Optimieren und Dokumentieren von Daten-Pipelines und
Speicherlösungen
- Gewährleistung der Einhaltung von Datenintegrität und Datenschutz
- Als „Digital Workflow Developer“ fördern Sie die
Automatisierung digitaler Prozesse



Must Have:

- Bachelor-Abschluss in Bioinformatik, Computerwissenschaften oder
Life Science mit Schwerpunkt Datentechnik oder alternativ eine
Berufsausbildung in einem verwandten Gebiet mit mindestens 2 Jahren
relevanter Erfahrung, vorzugsweise in der Pharmaindustrie (auch
Bachelor Absolventen willkommen, bitte entsprechend im Stundensatz
berücksichtigen)
- Kenntnisse in Python- und SQL-Programmiersprachen inkl. REST-API
- Gutes konzeptionelles Denken und Verständnis von Datenaggregation
und -ausrichtung, idealerweise unterstützt durch Kenntnisse im
Bereich Biologics
- Gute Englischkenntnisse sind erforderlich





Nice to Have:

- Kenntnisse von R sind von Vorteil
- Kenntnisse mit Visualisierungs- und Datentools (z. B. Tableau,
Spotfire)
- Vertrautheit mit Datenorchestrierungstools (wie Camunda und L7) im
Laborkontext
- Vertrautheit mit technischen Laborinformatikplattformen (ELNs,
Signals) und Data- Warehousing-Lösungen
- Deutsch von Vorteil
- Attraktives Gehalt und langfristige Jobsicherheit durch
Konzernzugehörigkeit
- Bis zu 30 Tage Urlaub pro Jahr
- Zuschuss zur betrieblichen Altersvorsorge nach Probezeitende
- Umfangreiche Sozialleistungen, inklusive Weihnachts- und
Urlaubsgeld
- Erstattung von Fahrtkosten
- In der Regel einen unbefristeten Arbeitsvertrag
- Gute Übernahmechancen bei unseren Geschäftspartnern
- Zugeschnittene Weiterbildungsmöglichkeiten und kostenlose
Sprachkurse
- Ein großes Angebot an Mitarbeitervergünstigungen

Research Associate Junior (all genders) at the Research Institute Children’s Cancer Center - Computational Pediatric Oncology

Better together. For life.
At the University Medical Center Hamburg-Eppendorf (UKE), we are committed to excellence in research, education, and comprehensive healthcare across our clinics. Every day, our team of approximately 15,300 dedicated employees works to make the world a healthier place. Our goal is to be one of the leading university hospitals while also being the best employer in our industry.

At UKE, we believe that meaningful and successful work should align with our employees' personal needs and individual lifestyles. Just as diverse as these needs are, so too is the variety of personalized solutions we offer.
Welcome to the UKE.

Job-ID:  J000004047
Art der Anstellung:  Temporary
Arbeitszeit:  Full time/ Part time
Bewerben bis:  24.02.2025
Unternehmensteil:  UKE_Zentrum für Geburtshilfe, Kinder- u. Jugendmedizin
Tätigkeitsbereich:  Research & Science
Bereich:  Klinik für Pädiatrische Hämatologie und Onkologie

Main tasks

The Research Institute Children's Cancer Centre at the University Medical Center Hamburg-Eppendorf is looking for a highly motivated research assistant (PhD/Postdoc) in the Computational Pediatric Oncology working group (headed by Prof. Dr. Michael Bockmayr) starting 01.03.2025. A later start can be accomodated in principle. We actively support and offer the chance to pursue a PhD alongside the project. The research group is dedicated to the development of quantitative methods for pediatric hematology and oncology. You will be involved in an exciting project in which machine learning methods are used to enable more accurate predictions of diagnosis, survival and therapy response in pediatric cancers from high-dimensional omics data, in particular single-cell sequencing data. Strong individualised support is guaranteed throughout the entire period. In addition, you can expect a motivated and dynamic team of physicians, natural scientists, bioinformaticians, technical assistants and students at the Research Institute, who are investigating pediatric cancers as part of various projects and with different approaches.

Your tasks:

- Development of clinically relevant classification algorithms using machine learning methods based on high-dimensional omics datasets.
- Integration of different molecular data types (genomics, epigenomics, transcriptomics at bulk and/or single cell level) with clinical variables
- Close collaboration with the experimental research groups at the Children's Cancer Centre and the clinical study groups
- Presentation of research results at international conferences and publication as first author in recognised journals

This position is to be filled with 100 percent of regular weekly working hours and is initially limited to three years due to third-party funding.

Darauf freuen wir uns

- Completed scientific university studies in the field of bioinformatics, computer science, data science, applied mathematics, physics, biomedical engineering or another relevant field
- Proven programming experience, especially in R or Python, good knowledge of ML frameworks such as PyTorch or TensorFlow
- Excellent knowledge of current machine learning methods
- Excellent communication skills and ability to collaborate across disciplines
- Proficiency in written and spoken English; familiarity with German is a plus but not mandatory
- Knowledge of omics data processing and basic molecular biology methods is a plus but not mandatory
- Knowledge of UNIX-based operating systems and version control software is desirable

We look forward to receiving a detailed application including a letter of motivation, CV, references, degree certificates, list of attended courses and, if possible, links to code examples, theses or publications.

Immunitätsstatus

Eine Einstellung ist nur möglich, wenn nach den jeweils geltenden (gesetzlichen und medizinischen) Vorgaben gegen das Masernvirus ein vollständiger Immunisierungs- bzw. Immunitätsnachweis vorliegt. Dies ist vor Beschäftigungsbeginn durch entsprechende Unterlagen (z.B. Impfausweis) nachzuweisen.

Das bieten wir

- Attractive compensation according to TVöD/VKA (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/verguetung-tarifvertraege/index.html)
- Secure employment with meaningful work and respectful collaboration
- Comprehensive onboarding and open knowledge exchange within the team
- Extensive training and further education programs at our UKE Academy for Education and Careers (https://www.uke.de/organisationsstruktur/zentrale-bereiche/uke-akademie-fuer-bildung-karriere/fort-weiterbildung/index.html)
- Opportunities to contribute to our “UKE INside” personnel policy through cross-professional and cross-hierarchical projects
- Sustainable travel: subsidies for the Deutschlandticket as a job ticket, and Dr. Bike bicycle service
- Family-friendly working environment: cooperation on childcare, free vacation childcare, advice for employees with relatives in need of care
- Excellent health, wellness, and sports programs
- A wide range of dining options in our staff restaurant, with additional choices available at the “Health Kitchen” cafés, bistros, and an on-site supermarket

Kontakt ins UKE

Kontakt zum Fachbereich
Prof. Michael Bockmayr
[email protected]

Kontakt zum Recruiting
Recruiting Team
+49 (0) 40 7410-52599

About us

We live diversity and value variety

We offer a work environment that provides equal opportunities regardless of age, gender,  identity, disability, ethnic and social origin, or religion. This is confirmed by our accession to the Charter of Diversity. We explicitly aim to increase the proportion of women in management positions, especially among scientific personnel in research and teaching. Women with equal qualifications will be given priority. The same applies in the case of under-representation of one gender in the advertised area. Persons with severe disabilities with equal aptitude, competence, and professional performance will be given priority.

> Learn more about "Diversity at UKE" here. (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/diversity-im-uke/index.html)

Wissenschaftliche:r Angestellte:r Junior (all genders) für das Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum - Computational Pediatric Oncology

Gemeinsam besser. Fürs Leben.

Wir sind das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE) – und stehen für exzellente Kompetenz in Forschung, Lehre und der vollumfänglichen Gesundheitsversorgung in unseren Kliniken. Unsere rund 15.300 Mitarbeiter:innen streben jeden Tag aufs Neue danach, mit ihrem Beitrag die Welt ein bisschen gesünder zu machen.

Es ist unser Anspruch, eine der führenden Universitätskliniken zu sein – und gleichzeitig der beste Arbeitgeber unserer Branche. So glauben wir im UKE fest daran, dass erfolgreiches und erfüllendes Arbeiten im Einklang mit den persönlichen Bedürfnissen und individuellen Lebensentwürfen der Mitarbeitenden stehen sollte. Und so unterschiedlich diese sind, so vielfältig ist unser Angebot an individuellen Lösungen.
****
Willkommen im UKE.

Job-ID:  J000004120
Art der Anstellung:  Befristet
Arbeitszeit:  Full time/ Part time
Bewerben bis:  24.02.2025
Unternehmensteil:  UKE_Zentrum für Geburtshilfe, Kinder- u. Jugendmedizin
Tätigkeitsbereich:  Forschung & Wissenschaft
Bereich:  Klinik für Pädiatrische Hämatologie und Onkologie

Das macht die Position aus

Am Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf ist in der Arbeitsgruppe Computational Pediatric Oncology (Leitung Prof. Dr. Michael Bockmayr) zum März 2025 eine Stelle als wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (PhD/Postdoc) zu besetzen. Ein späterer Eintritt ist prinzipiell denkbar. Eine Promotion ist möglich und wird aktiv unterstützt. Die Arbeitsgruppe widmet sich der Entwicklung quantitativer Methoden für die pädiatrische Hämatologie und Onkologie. Sie erwartet ein spannendes Projekt, bei dem Methoden des maschinellen Lernens genutzt werden, um aus hochdimensionalen Omics-Daten, insbesondere Einzelzellsequenzierungsdaten, genauere Vorhersagen zu Diagnose, Prognose und Therapieansprechen bei kindlichen Krebserkrankungen zu ermöglichen. Eine professionelle und individuelle Betreuung wird über den gesamten Zeitraum gewährleistet. Darüber hinaus erwartet Sie im Forschungsinstitut ein motiviertes und dynamisches Team aus Ärzt:innen, Naturwissenschaftler:innen, Bioinformatiker:innen, technischen Assistent:innen und Studierenden, die im Rahmen unterschiedlicher Projekte und Ansätzen der Erforschung kindlicher Krebserkrankungen auf der Spur sind.

Ihre Aufgaben:

- Entwicklung von klinisch relevanten Klassifikationsalgorithmen mit Methoden des maschinellen Lernens basierend auf hochdimensionalen Omics-Datensätzen
- Integration verschiedener molekularer Datentypen (Genomik, Epigenomik, Transkriptomik auf Bulk- und/oder Einzelzellebene) mit klinischen Variablen
- Enge Zusammenarbeit mit den experimentellen Forschungsgruppen am Kinderkrebszentrum sowie den klinischen Studienzentralen
- Präsentation der Forschungsergebnisse auf internationalen Konferenzen und Veröffentlichung als Erstautor:in in anerkannten Fachzeitschriften

Die Position ist mit 100 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit zu besetzen und drittmittelbedingt vorerst auf drei Jahre befristet.

Darauf freuen wir uns

- Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Bereich Bioinformatik, Informatik, Data Science, Angewandte Mathematik, Physik, Biomedical Engineering oder einem anderen relevanten Studiengang
- Nachgewiesene Programmiererfahrung insb. R oder Python, gute Kenntnisse von ML-Frameworks wie PyTorch oder TensorFlow
- Fundierte Kenntnisse aktueller Methoden des maschinellen Lernens
- Ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeit und Fähigkeit zur interdisziplinären Zusammenarbeit
- Sichere Englischkenntnisse in Wort und Schrift, Deutschkenntnisse sind vorteilhaft, aber nicht erforderlich
- Kenntnisse zur Verarbeitung von Omics-Daten und grundlegenden Methoden der Molekularbiologie sind vorteilhaft, aber nicht erforderlich
- Kenntnisse im Umgang mit UNIX-basierten Betriebssystemen und Versionskontrollsoftware sind wünschenswert

Wir freuen uns auf eine aussagekräftige Bewerbung inkl. Motivationsschreiben, CV, Referenzen, Abschlusszeugnissen, Liste der besuchten Lehrveranstaltungen sowie ggf. Verlinkung von Code-Beispielen, Abschlussarbeiten oder Publikationen.

Immunitätsstatus

Eine Einstellung ist nur möglich, wenn nach den jeweils geltenden (gesetzlichen und medizinischen) Vorgaben gegen das Masernvirus ein vollständiger Immunisierungs- bzw. Immunitätsnachweis vorliegt. Dies ist vor Beschäftigungsbeginn durch entsprechende Unterlagen (z.B. Impfausweis) nachzuweisen.

Das bieten wir

- Attraktive Bezahlung nach TVöD/VKA (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/verguetung-tarifvertraege/index.html)
- Krisensicherer Arbeitsplatz, sinnstiftende Tätigkeit, wertschätzendes Miteinander
- Strukturierte Einarbeitung und offener Wissensaustausch im Team
- Umfangreiche Fort- und Weiterbildungsprogramme an unserer UKE-Akademie für Bildung und Karriere (https://www.uke.de/organisationsstruktur/zentrale-bereiche/uke-akademie-fuer-bildung-karriere/fort-weiterbildung/index.html)
- Möglichkeiten zur Mitgestaltung unserer Personalpolitik „UKE INside“ in berufsgruppen- und hierarchieübergreifenden Projekten
- Nachhaltig unterwegs: Zuschüsse zum Deutschlandticket als Jobticket und Dr. Bike Fahrradservice
- Familienfreundliches Arbeitsumfeld: Kooperation zur Kinderbetreuung, kostenlose Ferienbetreuung, Beratung für Beschäftigte mit pflegebedürftigen Angehörigen
- Ausgezeichnete Gesundheits-, Präventions- und Sportangebote
- Unser Mitarbeitendenrestaurant bietet eine reiche Auswahl an kulinarischen Angeboten; weitere Angebote gibt es in den „Health Kitchen“ Cafés und Bistros und in einem Supermarkt direkt auf dem Gelände

Kontakt ins UKE

Kontakt zum Fachbereich
Herr Prof. Michael Bockmayr
[email protected]

Kontakt zum Recruiting
Recruiting Team
+49 (0) 40 7410-52599

Über uns

Wir leben Diversität und schätzen Vielfalt

Wir bieten ein Arbeitsumfeld, das unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Identität, Behinderung, ethnischer und sozialer Herkunft oder Religion gleiche Chancen ermöglicht. Dieses bestätigen wir mit dem Beitritt zur Charta der Vielfalt. Wir streben ausdrücklich eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an, insbesondere beim wissenschaftlichen Personal in Forschung und Lehre. Gleiches gilt im Falle einer Unterrepräsentation eines Geschlechts im ausschreibenden Bereich. Personen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung vorrangig berücksichtigt.

> Hier mehr zum Thema „Diversity im UKE“ erfahren. (https://www.uke.de/allgemein/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/diversity-im-uke/index.html)

In einer globalisierten Welt Nutztierhaltung nachhaltig und zukunftsfähig zu entwickeln, ist unsere Aufgabe. Ressourceneffizienz unter Berücksichtigung lokaler und globaler Umwelt- und Klimawirkungen steht dabei genauso im Fokus wie das Wohlergehen und die Gesundheit der Tiere sowie die Sicherheit der aus ihnen gewonnenen Lebensmittel. Das Forschungsinstitut für Nutztierbiologie (FBN) steht für innovative Forschung in internationalen, multidisziplinären Teams und verfügt über eine moderne Forschungsinfrastruktur. Unser grüner, naturnaher Campus, ist nur wenige Fahrminuten von der weltoffenen Großstadt am Meer, Rostock, entfernt.

Die Arbeitsgruppe Tierhaltung und Gesundheit besetzt eine Stelle als

Wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in / Doktorand:in (m/w/d)

Startdatum: zum nächstmöglichen Zeitpunkt
Arbeitszeit: Teilzeit
Befristung: Befristet zum 30.11.2026
Bezahlung: Entgeltgruppe 13 TV-L (65 %)
Ausschreibungsnummer: 2025-06

Aufgabengebiet:

Wir bieten eine Stelle zur Forschung und eigenen Qualifikation im Rahmen des von der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE) geförderten Projektes „MindfulShepard“. Das Projekt wird in Kooperation mit der Humboldt-Universität (HU) Berlin und dem Unternehmen BITSz electronics GmbH aus Zwickau durchgeführt. Das Projektziel ist es, ein Sensorhalfter für Schafe weiterzuentwickeln und an die Gegebenheiten der Weidehaltung anzupassen. Es sollen verschiedene Verhaltensweisen erfasst werden, die Rückschlüsse auf die Gesundheit und das Wohlbefinden des Einzeltieres und der Herde ermöglichen. So sollen Schafherden auch in unzugänglichen Weidegebieten einfacher zu überwachen sein. Das Sensorhalfter wurde bereits von den Kooperationspartnern entwickelt und unter kontrollierten Haltungsbedingungen am Schaf getestet. Im Zuge dieses Projektes sollen die bereits erfassbaren Verhaltensweisen gewichtet und neue mögliche Indikatoren identifiziert werden, die Hinweise auf den Gesundheitszustand der Herde und des Einzeltieres auf der Weide geben können. Die praktische Erprobung findet in enger Kooperation mit der HU Berlin statt, am FBN werden zusätzlich Daten von Referenzsystemen vergleichend analysiert. Anpassungen elektronischer und mechanischer Bestandteile fließen direkt in die Weiterentwicklung des Sensorhalfters bei der Firma BITSz electronics GmbH ein.

Anforderungen:

- wissenschaftliches Hochschulstudium (Master oder Diplom) vorzugsweise der Bioinformatik, Informatik, Agrarwissenschaften, Biologie oder verwandter Gebieter
- Interesse an der Entwicklung von Algorithmen und Interpretation von Sensordaten
- Kenntnisse im Programmieren wünschenswert
- Mitwirkung an Verhaltensstudien beim Schaf
- Erfahrungen im Umgang mit Tieren ist erwünscht, wird aber nicht vorausgesetzt
- Hohe Motivation und Teamfähigkeit
- Bereitschaft zu regelmäßigen Aufenthalten an den Versuchsstandorten
- gute Kenntnisse der deutschen und englischen Sprache


Was wir bieten:

Am FBN heißt Sie ein engagiertes, multidisziplinäres Team herzlich willkommen. Wir unterstützen Sie nicht nur mit einem strukturierten Onboarding, sondern auch bei Ihren Fragen rund um das Ankommen in der Region Rostock. Darüber hinaus bieten wir unseren Mitarbeitenden u. A.

- eine zusätzliche betriebliche Altersvorsorge (VBL),
- 30 Tage Jahresurlaub,
- eine flexible Arbeitszeitgestaltung sowie
- die Möglichkeit des mobilen Arbeitens.

Die Vereinbarkeit von Beruf und Familie ist uns am FBN ein wichtiges Anliegen, daher zeichnen wir uns durch unsere zertifizierte Familienfreundlichkeit aus. Dank unserer Kooperation mit dem lokalen Kindergarten sowie Eltern-Kind-Zimmern können auch Mitarbeitende mit Kindern bei uns optimale Arbeitsbedingungen finden.

Wenn Sie Teil unseres Teams werden wollen, freuen wir uns über Ihre Bewerbung. Da Chancengleichheit und Diversität wichtige Bestandteile unserer Personalpolitik sind, begrüßen wir Bewerber:innen jeden Hintergrunds.

Für weitere Auskünfte wenden Sie sich bitte an:

PD Dr. Andreas Vernunft
[email protected], Tel.: 038208 68819

Bitte senden Sie Ihre Bewerbung (Motivationsschreiben, detaillierter Lebenslauf, Zeugniskopien) als ein .pdf-Dokument ausschließlich per E-Mail an: [email protected] Bitte geben Sie unbedingt die Stellenausschreibungsnummer 2025-06 in Ihrer Bewerbung an.


Anzumerken ist abschließend auch noch, dass es uns untersagt ist, Bewerbungs- und Reisekosten im Rahmen der Bewerbung zu erstatten. Mit dem Einreichen ihrer Bewerbung willigen Sie in die Verarbeitung ihrer betreffenden personenbezogenen Daten für den Zweck des Bewerbungsverfahrens ein.

Weitere Informationen über das FBN erhalten Sie unter

www.fbn-dummerstorf.de (http://www.fbn-dummerstorf.de) .

HEADWAY - Ihr Experte in der Personalbranche mit mehr als 20 Jahren Erfahrung.
Seit unserer Gründung im Jahr 1997 arbeiten wir stets daran, uns zu verbessern, um unseren Kunden, Mitarbeitern und Partnern den bestmöglichen Service zu bieten. Das spiegelt sich auch in unseren Werten wider. Wir gehen auf individuelle Bedürfnisse unserer Mitarbeiter und Kunden ein und setzen dabei auf eine vertrauensvolle, sowie dauerhafte Zusammenarbeit. Um den Herausforderungen von heute gerecht zu werden, entwickeln wir uns kontinuierlich weiter. HEADWAY bedeutet Fortschritt.
HEADWAY gehört zur Empresaria Group plc, einem globalen Unternehmen der Personaldienstleistung mit über 100 Niederlassungen in 21 Ländern.
Im Rahmen der Arbeitnehmerüberlassung suchen wir für unseren Kunden Roche Diagnostics GmbH in Penzberg zum nächst möglichen Zeitpunkt für die Dauer von 18 Monaten einen Bachelor (m/w/d) Bioinformatik als Data Engineer in Vollzeit.

Ihre Aufgaben:

- Mitarbeit bei der Implementierung der Datenerfassung aus Laborgeräten und experimenten gemäß den FAIR-Datenstandards (Findeable, Accessible, Interoperable and Reusable)
- Entwicklung und Pflege von Datenerfassungsprotokollen und Datenmodellen für wissenschaftliche Daten
- Zusammenarbeit mit Laborexperten, Data Scientists, Analysten und anderen Stakeholdern, um den Bedarf im Bereich Data zu decken
- Überwachen, Optimieren und Dokumentieren von DatenPipelines und Speicherlösungen
- Gewährleistung der Einhaltung von Datenintegrität und Datenschutz
- Als „Digital Workflow Developer" fördern Sie die Automatisierung digitaler Prozesse

Ihre Qualifikationen:

- BachelorAbschluss in Bioinformatik, Computerwissenschaften oder Life Science mit Schwerpunkt Datentechnik oder alternativ eine Berufsausbildung in einem verwandten Gebiet mit mindestens 2 Jahren relevanter Erfahrung, vorzugsweise in der Pharmaindustrie
- Kenntnisse in Python und SQL-Programmiersprachen inkl. REST-API
- Gutes konzeptionelles Denken und Verständnis von Datenaggregation und ausrichtung, idealerweise unterstützt durch Kenntnisse im Bereich Biologics
- Gute Englischkenntnisse sind erforderlich
- Kenntnisse von R sind von Vorteil
- Kenntnisse mit Visualisierungs und Datentools (z. B. Tableau, Spotfire)
- Vertrautheit mit Datenorchestrierungstools (wie Camunda und L7) im Laborkontext
- Vertrautheit mit technischen Laborinformatikplattformen (ELNs, Signals) und Data Warehousing-Lösungen
- Gute DeutschKenntnisse sind von Vorteil

Bitte geben Sie bei Ihrer Bewerbung Ihren frühesten Eintrittstermin sowie Ihr Wunschgehalt mit an.

Wir legen Wert auf Vielfalt und Chancengleichheit, unabhängig von Alter, Geschlecht, Behinderung, ethnischer Herkunft, sexueller Orientierung oder sozialem/religiösem Hintergrund.
Als Personaldienstleister ist HEADWAY ein wichtiges Bindeglied zwischen Bewerbern und Unternehmen. Unser Anliegen ist es, Ihnen neue Perspektiven zu eröffnen und den für Sie passenden Job zu finden. Bewerben Sie sich und wir begleiten Sie in Ihre berufliche Zukunft!

Bioinformatiker (gn*) Klinik für Medizinische Genetik Zunächst befristet auf 5 Jahre | In Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden | Vergütung nach den Bestimmungen des TV-L bis E13 | Klinik für Medizinische Genetik | Kennziffer 10131

Wir sind das UKM. Wir haben einen klaren gesellschaftlichen Auftrag und mit der Verbindung von Krankenversorgung, Forschung und Lehre eine besondere gesellschaftliche Verantwortung.

Damit wir unserem hohen Anspruch tagtäglich gerecht werden, freuen wir uns auf Deine Expertise für den Aufbau des Modellvorhabens Genomsequenzierung – am besten mit DIR!

Die Klinik für Medizinische Genetik ist Teil des Centrums für Medizinische Genetik, zu dem auch das Institut für Reproduktionsgenetik gehört. Wir behandeln Patienten aus dem gesamten Spektrum humangenetischer Fragestellungen und führen zugehörige Analysen nach modernstem Stand der Technik durch.

Seit über 10 Jahren betreiben wir ein selbstentwickeltes System, das eine elektronische Patientenakte (EPA) und ein Laborinformationssystem (LIMS) umfasst. Das webbasierte System umfasst außerdem die Auswertung von Next-Generation-Sequencing-Daten und wird sowohl in der Krankenversorgung als auch in der Forschung eingesetzt.
Im Rahmen des Modellvorhabens Genomsequenzierung verstärken wir unser Team für die bioinformatische Analyse von Genomdaten, wobei wir sowohl „short read“ als auch „long read“ auf den modernsten Sequencern (Illumina X Plus/PacBio Revio) sequenzieren.

VERANTWORTUNGSVOLLE AUFGABEN:

- Entwicklung und Implementierung von Algorithmen und Pipelines sowie Auswertung von Genom-Sequenzdaten inkl. Methylomdaten (u. a. Assemblierung und Annotation)
- Tätigkeiten an der Schnittstelle zwischen Forschung und Diagnostik
- Vielseitige, interessante und abwechslungsreiche Tätigkeiten in einem multidisziplinären, kollegialen und engagierten Team

ANFORDERUNGEN:

- Abgeschlossenes Studium der Informatik, Bioinformatik oder einer verwandten Fachrichtung; Promotion wünschenswert
- Umfangreiche Erfahrung mit der Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten
- Umfangreiche Programmierkenntnisse (z. B. Python oder R)
- Verantwortungsbewusstes, kollegiales und ergebnisorientiertes Arbeiten
- Motivation und das Interesse an einem spannenden Aufgabenspektrum im medizinischen Bereich

Rückfragen an: Prof. Dr. med. Frank Tüttelmann, T 0251 83-54888.

Jetzt bis zum 15.01.2025.

Weitere Informationen findest Du hier:

- Klinik für Medizinische Genetik
- Centrums für Medizinische Genetik
- Institut für Reproduktionsgenetik

BESTE BEDINGUNGEN:

Spannende Projekte

Fort- und Weiterbildung

Interdisziplinaere Zusammenarbeit

Teil der Forschungsinnovation

Vieles mehr ...

- Spannende Projekte
- Fort- und Weiterbildung
- Interdisziplinäre Zusammenarbeit
- Teil der Forschungsinnovation
- Weitere Vorteile

(*gn=geschlechtsneutral)

Das UKM unterstützt die Vereinbarkeit von Beruf und Familie und ist daher als familienbewusstes Unternehmen zertifiziert. Es besteht grundsätzlich die Möglichkeit der Teilzeitbeschäftigung. Im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften werden Frauen sowie Schwerbehinderte bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt. Aufgrund der gesetzlichen Vorgaben gemäß Masernschutzgesetz ist eine Tätigkeit bei uns nur mit vollständigem Impfschutz gegen Masern möglich.

Universitätsklinikum Münster
Albert-Schweitzer-Campus 1, Gebäude D5
48149 Münster
www.ukm.de

The University Hospital of Tübingen is a leading center of German university medicine. Every year, around 75,000 inpatients and around 380,000 outpatients are treated. With around 11,000 employees, it is the largest employer in the region. The quality of patient care is certified with the KTQ seal of approval.The Institute for Medical Genetics and Applied Genomics is looking for a

Research Data Analyst / Bioinformatician / Data Scientist (f/m/d)

for the Translational Clinical Genomics (Haack group). The full time position is initially limited to 2 years.

Our interdisciplinary diagnostics and research team (Haack group) at the Institute of Medical Genetics and Applied Genomics applies state-of-the-art genomics methods to research the molecular mechanisms of genetic diseases. As part of national and international networks, we are establishing new concepts for improved diagnostics and therapies for rare and oncological diseases. In addition to the latest technologies (e.g. long-read genome sequencing), we use integrative analyses of omics datasets for the comprehensive characterisation and improved clinical interpretation of genomic alterations. The close integration of clinic and research ensures the rapid translation of the latest scientific findings, technologies and methods into routine diagnostics. Our aim is to make these benefits available to all our patients and thus support the development of personalised therapies and preventive measures.

Specific responsibilities:

- Develop and implement statistical methods and analysis strategies to pinpoint clinically relevant genomic variation in individuals or via cohort-based approaches
- Interaction with bioinformaticians, data analysts and clinicians to introduce new features and continuously improve NGS data analysis pipeline functionality
- Participation in European research projects of the lab to develop and improve cutting edge molecular diagnostics (focus long-read technologies)
- Contribute to standardized detection/prediction and reporting of therapeutically targetable genomic variation

Your tasks:

- Minimum Qualifications Master's degree (MSc) in bioinformatics, biostatistics, human genetics, computational biology, or a related field, or equivalent in education and experience, plus three years of related experience
- Advanced degree in in bioinformatics, biostatistics, human genetics, computational biology, or a related field would substitute for experience. Strong foundation in statistical analysis and data visualization
- Familiarity with NGS data analysis under Linux
- Experience with at least one programming language, preferably Python and strong programming skills
- Ideally experience in project management and quality management procedures
- Fluency in English (min C1 level)
- Preferred Qualifications Familiarity with tools for genome, epigenome and transcriptome interpretation
- Knowledge of statistical principles and methods relevant to human genetics

We offer you:

- Opportunity to join one of Europe's leading, scientifically highly productive teams at the forefront of NGS-based diagnostics and biomedical research.
- International, attractive, and interdisciplinary working environment.
- Working with important consortia in the field of rare diseases, e.g. ERDERA, the German Initiative for Clinical Long-read Sequencing (lonGER), and EU-funded Recon4IMD
- Flexible working hours and home-officing policy
- Possibilities for further scientific qualification and for personal development

We offer remuneration in accordance with TV-L (collective wage agreement for the Public Service of the German Federal States), severely handicapped persons with equal qualifications are given preferential consideration. Interview expenses are not covered. Please note the applicable vaccination regulations.

Genomics Data Scientist (f/m/x)

102578

Full time
39 hrs./week

Neuherberg near Munich

Home Office Options

We are Helmholtz Munich. In a rapidly changing world, we discover
breakthrough solutions for better health.

Our research is focused within the areas of metabolic health/diabetes,
environmental health, molecular targets and therapies, cell programming and
repair, bioengineering, and computational health. We particularly excel in the
fields of basic research, bioengineering, artificial intelligence, and
technological development.

Through this research, we build the foundations for medical innovation.
Together with our partners, we seek to accelerate the transfer of our research,
so that laboratory ideas can reach society and improve people’s quality of life
at the fastest rate possible.

This is what drives us. Why not join us and make a difference?

The Institute of Translational Genomics(ITG) focusses on translating insights
from genomics and multi-omics into mechanisms of complex disease development
and progression. Within the Institute, the Data and Analytics (DnA) team is in
charge of developing smart solutions for addressing data-intensive problems in
complex trait genetics. Since we are working on a growing number of projects
involving biobank-sized whole-genome sequencing datasets, in combination with
high-dimensional phenotypic and functional data, we are seeking aGenomics Data
Scientist (f/m/x)to join the team. This role is a unique opportunity for a
motivated individual to develop or expand a working knowledge of
state-of-the-art methods in statistical genetics and genomics.

Prof. Matthias Tschöp (Dr. Med., Dr. hc.),CEO of Helmholtz Munich:

"We believe that excellent research requires a range of different
perspectives. Diverse teams reach better solutions and are more innovative in
their research topics.

Establishing our Diversity Management Strategy demonstrates our commitment to
ensuring an appreciative company culture based on mutual respect. We are also
implementing diversity-sensitive processes throughout our whole organization."

Your tasks

- management of large multi-omics datasets and of big data processing (high
volume, parallelism, format conversion)
- maintaining and adapting existing analytical scripts and pipelines
- developing new pipelines and software
- responding to bioinformatics or IT related requests from other members of
the Institute
- keeping up to date with new data releases, tools and methodological
advances in the field and feed back to Institute members through presentations
and briefings
- conveying complex IT and bioinformatic updates in a clear fashion, both
orally and in written form

Your profile

- Advanced degree (PhD or MS) in a quantitative field such as Bioinformatics,
Statistics, Applied Mathematics, Engineering, Computer Science, or related
disciplines
- Proficiency in *NIX environments, bash scripting, and high-performance
computing and familiarity in using job schedulers (e.g., Slurm, OpenPBS, Grid
Engine)
- Expertise in at least one programming language (Python preferred, or
R/Java) for package development and maintenance
- Practical experience with statistics, machine learning, and related
tools/libraries (e.g., scikit-learn, caret, GLM, RF, boosting)
- Familiarity with bioinformatics resources (e.g., Ensembl, GWAS Catalog) and
statistical genetics tools/analyses (e.g., plink, GCTA, asscociation,
heritability)

Desirable Qualifications:

- Experience with workflow management systems (e.g., Snakemake, Nextflow) and
containerization software (e.g., Docker)
- Strong communication skills, with fluency in spoken and written English

Benefits

- Career Development
Postdoc program, scientific training & career center with tailored offers
- Family Support
On-site kindergarten, holiday care, care for the elderly
- Health Promotion
Sports, company doctor, mental health initiatives
- International Staff Service
Support with the relocation and integration process in Germany
- Recreation
30 days annual leave, flexi days, plus public holidays
- Work-Life-Balance
Flexible working hours and flexi-time models

If you fulfil all the requirements, you may be eligible for a salary grade of
up to E 13. Social benefits are based on the Collective Wage Agreement for
Public-Sector Employees (TVöD). The position has an (initial) fixed term of 2
years but may be extended under certain circumstances.

We are committed to promoting a culture of diversity and welcome applications
from talented people regardless of gender, cultural background, nationality,
ethnicity, sexual identity, physical abilities, religion or age. Qualified
applicants with physical disabilities will be given preference.
If you have obtained a university degree abroad, we will require further
documents from you regarding the comparability of your degree.Please request
the Statement of Comparability for Foreign Higher Education Qualifications as
early as possible.

Interested in applying?

If you have any questions, feel free to contact Fr. Dr. Iris Fischer,
[email protected], who will be happy to help.