Wissenschaftliche:r Angestellte:r Junior (all genders) für das Forschungsinstitut... (Bioinformatiker/in)

Research Associate Junior (all genders) at the Research Institute Children’s Cancer Center - Computational Pediatric Oncology

Better together. For life.
At the University Medical Center Hamburg-Eppendorf (UKE), we are committed to excellence in research, education, and comprehensive healthcare across our clinics. Every day, our team of approximately 15,300 dedicated employees works to make the world a healthier place. Our goal is to be one of the leading university hospitals while also being the best employer in our industry.

At UKE, we believe that meaningful and successful work should align with our employees' personal needs and individual lifestyles. Just as diverse as these needs are, so too is the variety of personalized solutions we offer.
Welcome to the UKE.

Job-ID:  J000004047
Art der Anstellung:  Temporary
Arbeitszeit:  Full time/ Part time
Bewerben bis:  24.02.2025
Unternehmensteil:  UKE_Zentrum für Geburtshilfe, Kinder- u. Jugendmedizin
Tätigkeitsbereich:  Research & Science
Bereich:  Klinik für Pädiatrische Hämatologie und Onkologie

Main tasks

The Research Institute Children's Cancer Centre at the University Medical Center Hamburg-Eppendorf is looking for a highly motivated research assistant (PhD/Postdoc) in the Computational Pediatric Oncology working group (headed by Prof. Dr. Michael Bockmayr) starting 01.03.2025. A later start can be accomodated in principle. We actively support and offer the chance to pursue a PhD alongside the project. The research group is dedicated to the development of quantitative methods for pediatric hematology and oncology. You will be involved in an exciting project in which machine learning methods are used to enable more accurate predictions of diagnosis, survival and therapy response in pediatric cancers from high-dimensional omics data, in particular single-cell sequencing data. Strong individualised support is guaranteed throughout the entire period. In addition, you can expect a motivated and dynamic team of physicians, natural scientists, bioinformaticians, technical assistants and students at the Research Institute, who are investigating pediatric cancers as part of various projects and with different approaches.

Your tasks:

- Development of clinically relevant classification algorithms using machine learning methods based on high-dimensional omics datasets.
- Integration of different molecular data types (genomics, epigenomics, transcriptomics at bulk and/or single cell level) with clinical variables
- Close collaboration with the experimental research groups at the Children's Cancer Centre and the clinical study groups
- Presentation of research results at international conferences and publication as first author in recognised journals

This position is to be filled with 100 percent of regular weekly working hours and is initially limited to three years due to third-party funding.

Darauf freuen wir uns

- Completed scientific university studies in the field of bioinformatics, computer science, data science, applied mathematics, physics, biomedical engineering or another relevant field
- Proven programming experience, especially in R or Python, good knowledge of ML frameworks such as PyTorch or TensorFlow
- Excellent knowledge of current machine learning methods
- Excellent communication skills and ability to collaborate across disciplines
- Proficiency in written and spoken English; familiarity with German is a plus but not mandatory
- Knowledge of omics data processing and basic molecular biology methods is a plus but not mandatory
- Knowledge of UNIX-based operating systems and version control software is desirable

We look forward to receiving a detailed application including a letter of motivation, CV, references, degree certificates, list of attended courses and, if possible, links to code examples, theses or publications.

Immunitätsstatus

Eine Einstellung ist nur möglich, wenn nach den jeweils geltenden (gesetzlichen und medizinischen) Vorgaben gegen das Masernvirus ein vollständiger Immunisierungs- bzw. Immunitätsnachweis vorliegt. Dies ist vor Beschäftigungsbeginn durch entsprechende Unterlagen (z.B. Impfausweis) nachzuweisen.

Das bieten wir

- Attractive compensation according to TVöD/VKA (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/verguetung-tarifvertraege/index.html)
- Secure employment with meaningful work and respectful collaboration
- Comprehensive onboarding and open knowledge exchange within the team
- Extensive training and further education programs at our UKE Academy for Education and Careers (https://www.uke.de/organisationsstruktur/zentrale-bereiche/uke-akademie-fuer-bildung-karriere/fort-weiterbildung/index.html)
- Opportunities to contribute to our “UKE INside” personnel policy through cross-professional and cross-hierarchical projects
- Sustainable travel: subsidies for the Deutschlandticket as a job ticket, and Dr. Bike bicycle service
- Family-friendly working environment: cooperation on childcare, free vacation childcare, advice for employees with relatives in need of care
- Excellent health, wellness, and sports programs
- A wide range of dining options in our staff restaurant, with additional choices available at the “Health Kitchen” cafés, bistros, and an on-site supermarket

Kontakt ins UKE

Kontakt zum Fachbereich
Prof. Michael Bockmayr
[email protected]

Kontakt zum Recruiting
Recruiting Team
+49 (0) 40 7410-52599

About us

We live diversity and value variety

We offer a work environment that provides equal opportunities regardless of age, gender,  identity, disability, ethnic and social origin, or religion. This is confirmed by our accession to the Charter of Diversity. We explicitly aim to increase the proportion of women in management positions, especially among scientific personnel in research and teaching. Women with equal qualifications will be given priority. The same applies in the case of under-representation of one gender in the advertised area. Persons with severe disabilities with equal aptitude, competence, and professional performance will be given priority.

> Learn more about "Diversity at UKE" here. (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/diversity-im-uke/index.html)

Wissenschaftliche:r Angestellte:r Junior (all genders) für das Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum - Computational Pediatric Oncology

Gemeinsam besser. Fürs Leben.

Wir sind das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf (UKE) – und stehen für exzellente Kompetenz in Forschung, Lehre und der vollumfänglichen Gesundheitsversorgung in unseren Kliniken. Unsere rund 15.300 Mitarbeiter:innen streben jeden Tag aufs Neue danach, mit ihrem Beitrag die Welt ein bisschen gesünder zu machen.

Es ist unser Anspruch, eine der führenden Universitätskliniken zu sein – und gleichzeitig der beste Arbeitgeber unserer Branche. So glauben wir im UKE fest daran, dass erfolgreiches und erfüllendes Arbeiten im Einklang mit den persönlichen Bedürfnissen und individuellen Lebensentwürfen der Mitarbeitenden stehen sollte. Und so unterschiedlich diese sind, so vielfältig ist unser Angebot an individuellen Lösungen.
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Willkommen im UKE.

Job-ID:  J000004120
Art der Anstellung:  Befristet
Arbeitszeit:  Full time/ Part time
Bewerben bis:  24.02.2025
Unternehmensteil:  UKE_Zentrum für Geburtshilfe, Kinder- u. Jugendmedizin
Tätigkeitsbereich:  Forschung & Wissenschaft
Bereich:  Klinik für Pädiatrische Hämatologie und Onkologie

Das macht die Position aus

Am Forschungsinstitut Kinderkrebs-Zentrum am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf ist in der Arbeitsgruppe Computational Pediatric Oncology (Leitung Prof. Dr. Michael Bockmayr) zum März 2025 eine Stelle als wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (PhD/Postdoc) zu besetzen. Ein späterer Eintritt ist prinzipiell denkbar. Eine Promotion ist möglich und wird aktiv unterstützt. Die Arbeitsgruppe widmet sich der Entwicklung quantitativer Methoden für die pädiatrische Hämatologie und Onkologie. Sie erwartet ein spannendes Projekt, bei dem Methoden des maschinellen Lernens genutzt werden, um aus hochdimensionalen Omics-Daten, insbesondere Einzelzellsequenzierungsdaten, genauere Vorhersagen zu Diagnose, Prognose und Therapieansprechen bei kindlichen Krebserkrankungen zu ermöglichen. Eine professionelle und individuelle Betreuung wird über den gesamten Zeitraum gewährleistet. Darüber hinaus erwartet Sie im Forschungsinstitut ein motiviertes und dynamisches Team aus Ärzt:innen, Naturwissenschaftler:innen, Bioinformatiker:innen, technischen Assistent:innen und Studierenden, die im Rahmen unterschiedlicher Projekte und Ansätzen der Erforschung kindlicher Krebserkrankungen auf der Spur sind.

Ihre Aufgaben:

- Entwicklung von klinisch relevanten Klassifikationsalgorithmen mit Methoden des maschinellen Lernens basierend auf hochdimensionalen Omics-Datensätzen
- Integration verschiedener molekularer Datentypen (Genomik, Epigenomik, Transkriptomik auf Bulk- und/oder Einzelzellebene) mit klinischen Variablen
- Enge Zusammenarbeit mit den experimentellen Forschungsgruppen am Kinderkrebszentrum sowie den klinischen Studienzentralen
- Präsentation der Forschungsergebnisse auf internationalen Konferenzen und Veröffentlichung als Erstautor:in in anerkannten Fachzeitschriften

Die Position ist mit 100 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit zu besetzen und drittmittelbedingt vorerst auf drei Jahre befristet.

Darauf freuen wir uns

- Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Bereich Bioinformatik, Informatik, Data Science, Angewandte Mathematik, Physik, Biomedical Engineering oder einem anderen relevanten Studiengang
- Nachgewiesene Programmiererfahrung insb. R oder Python, gute Kenntnisse von ML-Frameworks wie PyTorch oder TensorFlow
- Fundierte Kenntnisse aktueller Methoden des maschinellen Lernens
- Ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeit und Fähigkeit zur interdisziplinären Zusammenarbeit
- Sichere Englischkenntnisse in Wort und Schrift, Deutschkenntnisse sind vorteilhaft, aber nicht erforderlich
- Kenntnisse zur Verarbeitung von Omics-Daten und grundlegenden Methoden der Molekularbiologie sind vorteilhaft, aber nicht erforderlich
- Kenntnisse im Umgang mit UNIX-basierten Betriebssystemen und Versionskontrollsoftware sind wünschenswert

Wir freuen uns auf eine aussagekräftige Bewerbung inkl. Motivationsschreiben, CV, Referenzen, Abschlusszeugnissen, Liste der besuchten Lehrveranstaltungen sowie ggf. Verlinkung von Code-Beispielen, Abschlussarbeiten oder Publikationen.

Immunitätsstatus

Eine Einstellung ist nur möglich, wenn nach den jeweils geltenden (gesetzlichen und medizinischen) Vorgaben gegen das Masernvirus ein vollständiger Immunisierungs- bzw. Immunitätsnachweis vorliegt. Dies ist vor Beschäftigungsbeginn durch entsprechende Unterlagen (z.B. Impfausweis) nachzuweisen.

Das bieten wir

- Attraktive Bezahlung nach TVöD/VKA (https://www.uke.de/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/verguetung-tarifvertraege/index.html)
- Krisensicherer Arbeitsplatz, sinnstiftende Tätigkeit, wertschätzendes Miteinander
- Strukturierte Einarbeitung und offener Wissensaustausch im Team
- Umfangreiche Fort- und Weiterbildungsprogramme an unserer UKE-Akademie für Bildung und Karriere (https://www.uke.de/organisationsstruktur/zentrale-bereiche/uke-akademie-fuer-bildung-karriere/fort-weiterbildung/index.html)
- Möglichkeiten zur Mitgestaltung unserer Personalpolitik „UKE INside“ in berufsgruppen- und hierarchieübergreifenden Projekten
- Nachhaltig unterwegs: Zuschüsse zum Deutschlandticket als Jobticket und Dr. Bike Fahrradservice
- Familienfreundliches Arbeitsumfeld: Kooperation zur Kinderbetreuung, kostenlose Ferienbetreuung, Beratung für Beschäftigte mit pflegebedürftigen Angehörigen
- Ausgezeichnete Gesundheits-, Präventions- und Sportangebote
- Unser Mitarbeitendenrestaurant bietet eine reiche Auswahl an kulinarischen Angeboten; weitere Angebote gibt es in den „Health Kitchen“ Cafés und Bistros und in einem Supermarkt direkt auf dem Gelände

Kontakt ins UKE

Kontakt zum Fachbereich
Herr Prof. Michael Bockmayr
[email protected]

Kontakt zum Recruiting
Recruiting Team
+49 (0) 40 7410-52599

Über uns

Wir leben Diversität und schätzen Vielfalt

Wir bieten ein Arbeitsumfeld, das unabhängig von Alter, Geschlecht, sexueller Identität, Behinderung, ethnischer und sozialer Herkunft oder Religion gleiche Chancen ermöglicht. Dieses bestätigen wir mit dem Beitritt zur Charta der Vielfalt. Wir streben ausdrücklich eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an, insbesondere beim wissenschaftlichen Personal in Forschung und Lehre. Gleiches gilt im Falle einer Unterrepräsentation eines Geschlechts im ausschreibenden Bereich. Personen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung vorrangig berücksichtigt.

> Hier mehr zum Thema „Diversity im UKE“ erfahren. (https://www.uke.de/allgemein/karriere/das-uke-als-arbeitgeber/diversity-im-uke/index.html)