Scientific Staff (Wissenschaftliche Mitarbeiter (m/w/d; bis zu E 13 TV-L, 100%)) (Bioinformatiker/in)

The University Hospital of Tübingen is a leading center of German university medicine. Every year, around 75,000 inpatients and around 380,000 outpatients are treated. With around 11,000 employees, it is the largest employer in the region. The quality of patient care is certified with the KTQ seal of approval.The Institute for Medical Genetics and Applied Genomics is looking for a

Research Data Analyst / Bioinformatician / Data Scientist (f/m/d)

for the Translational Clinical Genomics (Haack group). The full time position is initially limited to 2 years.

Our interdisciplinary diagnostics and research team (Haack group) at the Institute of Medical Genetics and Applied Genomics applies state-of-the-art genomics methods to research the molecular mechanisms of genetic diseases. As part of national and international networks, we are establishing new concepts for improved diagnostics and therapies for rare and oncological diseases. In addition to the latest technologies (e.g. long-read genome sequencing), we use integrative analyses of omics datasets for the comprehensive characterisation and improved clinical interpretation of genomic alterations. The close integration of clinic and research ensures the rapid translation of the latest scientific findings, technologies and methods into routine diagnostics. Our aim is to make these benefits available to all our patients and thus support the development of personalised therapies and preventive measures.

Specific responsibilities:

- Develop and implement statistical methods and analysis strategies to pinpoint clinically relevant genomic variation in individuals or via cohort-based approaches
- Interaction with bioinformaticians, data analysts and clinicians to introduce new features and continuously improve NGS data analysis pipeline functionality
- Participation in European research projects of the lab to develop and improve cutting edge molecular diagnostics (focus long-read technologies)
- Contribute to standardized detection/prediction and reporting of therapeutically targetable genomic variation

Your tasks:

- Minimum Qualifications Master's degree (MSc) in bioinformatics, biostatistics, human genetics, computational biology, or a related field, or equivalent in education and experience, plus three years of related experience
- Advanced degree in in bioinformatics, biostatistics, human genetics, computational biology, or a related field would substitute for experience. Strong foundation in statistical analysis and data visualization
- Familiarity with NGS data analysis under Linux
- Experience with at least one programming language, preferably Python and strong programming skills
- Ideally experience in project management and quality management procedures
- Fluency in English (min C1 level)
- Preferred Qualifications Familiarity with tools for genome, epigenome and transcriptome interpretation
- Knowledge of statistical principles and methods relevant to human genetics

We offer you:

- Opportunity to join one of Europe's leading, scientifically highly productive teams at the forefront of NGS-based diagnostics and biomedical research.
- International, attractive, and interdisciplinary working environment.
- Working with important consortia in the field of rare diseases, e.g. ERDERA, the German Initiative for Clinical Long-read Sequencing (lonGER), and EU-funded Recon4IMD
- Flexible working hours and home-officing policy
- Possibilities for further scientific qualification and for personal development

We offer remuneration in accordance with TV-L (collective wage agreement for the Public Service of the German Federal States), severely handicapped persons with equal qualifications are given preferential consideration. Interview expenses are not covered. Please note the applicable vaccination regulations.

The High Performance und Cloud Computing Group at the IT Center (ZDV) of the Eberhard

Karls Universität Tübingen seeks to fill one project positions at the earliest possible date for

Scientific Staff (Wissenschaftliche Mitarbeiter

(m/w/d; bis zu E 13 TV-L, 100%))

ZDV‐07‐24

The University of Tübingen is a central partner of the German Network for Bioinformatics

Infrastructure (de.NBI) and provides a cloud infrastructure for computation, along with the

Universities of Bielefeld, Freiburg, Gießen, Heidelberg, the DKFZ, Charité ‐ BIH and the Research Centre Jülich (https://cloud.denbi.de/).

The position focuses on cloud operations and development, collaboration with other cloud sites, and cloud user support.

As part of the de.NBI Cloud team you will be working on:

 Conception, procurement and operation of the hardware infrastructure

 Integration and operation of heterogenous storage resources

 Integration and operation of federated compute resources

 Integration and operation of network components

 Authentication and authorization

 Support of de.NBI Cloud users

 Handling of sensible research data

 Close collaboration with the project partners and the scientific community

 Active support for the broad user community for bioinformatical and technical questions

We expect from you:

 A scientific higher education degree (master, diploma or comparable) in

bioinformatics, computer science or a related field

 Experience with an OpenStack‐based cloud environment as user and/or administrator

The following competences are considered to be beneficial:

 Python expertise

 DevOps experiences with tools like Ansible, Terraform, Git, Kickstart

 Knowledge about network topologies and concepts like VLAN separation or Softwaredefined Networking

Experience with software defined storage systems like Ceph or Quobyte

 Experience with Kubernetes or other container orchestration

 Experience with information security management systems, ideally including

certification processes (ISO 27001)

 Experience with Monitoring tools like Prometheus, Grafana or Zabbix

 Team oriented but self‐reliant working habits

 Professional interaction with heterogenous user groups

 High motivation, flexibility and team spirit

 Highly proficient in both spoken and written English

 Experience with multidisciplinary scientific working habits

We offer:

 A thorough initial training phase and continuous further training

 A stimulating working environment including space for personal initiative

 Work within a likeable and congenial team

 The opportunity to gain experience in all areas of cloud operation

 Flat hierarchies and the encouragement of own ideas

 Flexible working hours

 Job ticket

 University sport program

The position is initially limited until 31.12.2027. The university seeks to raise the number of

women in research and teaching and therefore urges qualified women academics to apply for

these positions. Equally qualified applicants with disabilities will be given preference. The

employment will be carried out by the central administration of the University of Tübingen.

Have we caught your interest? Please send your application including cover letter, CV, resume

and a copy of the certificate of your highest professional qualification, refereeing to reference

number ZDV‐07‐24 until April 14th, 2024 to the director of the ZDV, Prof. Dr. Thomas Walter,

72074 Tübingen, Wächterstraße 76 or in electronic from to [email protected].

Dr. Jens Krüger (jens.krueger@uni‐tuebingen.de; 07071 29‐70371) is happy to answer your

questions specifically related to the de.NBI Cloud Tübingen.

Das Universitätsklinikum Tübingen ist ein führendes Zentrum der deutschen Hochschulmedizin. Jährlich werden etwa 75.000 Patientinnen und Patienten stationär und ca. 380.000 ambulant behandelt. Mit rund 10.600 Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern ist es der größte Arbeitgeber der Region. Die Qualität der Krankenversorgung ist mit dem Gütesiegel der KTQ zertifiziert.Wir suchen für das Institut für Medizinische Genetik und Angewandte Genomik zum 01.08.2024 einen/eine

Bioinformatikerin / Bioinformatiker Genomanalyse (w/m/d)

in Vollzeit und befristet auf 2 Jahre.Das Institut für Medizinische Genetik und Angewandte Genomik ist integrierter Bestandteil bei der Patientenversorgung und Forschung des Universitätsklinikums Tübingen mit internationaler Sichtbarkeit und beschäftigt aktuell mehr als 150 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter. Seit 2017 sind wir eines von 4 Sequenzierzentren der DFG (NGS Competence Center Tübingen), was es uns ermöglicht alle aktuellen Sequenziertechnologien in Diagnostik und Forschung anzuwenden.  Die Analyse von Genomen in der Krankenversorgung ist nur durch den konsequenten Ausbau eines hochspezialisierten Diagnostikteams und durch die Entwicklung einer integrierten Bioinformatik-Abteilung (mit derzeit 20 Bioinformatiker/-innen) möglich geworden.

Ihr Aufgabengebiet umfasst:

- Datenanalyse von Genome-Daten im diagnostischen Kontext: Krebs und genetische Erkrankungen
- Weiterentwicklung unserer NGS-Analysepipeline und Klinischen Entscheidungssystems megSAP (https://github.com/imgag/megSAP (https://github.com/imgag/megSAP) )
- Entwicklung von Evaluationsmethoden für die Genomanalyse
- Optional: Entwicklung der Cloud-Version von megSAP

Ihr Profil (zwingend erforderlich):

- Diplom / M.Sc. / PhD in Informatik, Bioinformatik, Biostatistik oder vergleichbaren Studiengängen
- Praktische Erfahrung mit der Analyse von Sequenzierdaten (Next Generation Sequencing Daten)
- Sicherheit im Umgang mit der Linux- Kommandozeile
- Programmierkenntnisse in objekt-orientierten Sprachen


Profil (optional):

- Erfahrung mit der NGS-Datenanalyse im Bereich Humangenetik oder Onkogenetik
- Programmiererfahrung in C++ und Qt
- Programmiererfahrung in Python oder PHP
- Kenntnisse im Bereich Webservices und Datenbanken (SQL, HTML/CSS, Flask)
- Cloud-Computing (z. B. AWS)
- Erfahrung mit Git und GitHub

Ihre Vorteile bei uns:

- Mitarbeit im vielseitigen Umfeld eines modernen Universitätsklinikums, welches neben der Krankenversorgung zusätzlich die medizinische Forschung und Lehre fokussiert
- Zukunftssicherer Arbeitsplatz und Standort sowie eine attraktive Vergütung einschließlich betrieblicher Altersversorgung (VBL) bei gleichzeitig möglichst flexiblen Arbeitszeitregelungen
- Zuschuss zum Ticket für den öffentlichen Nahverkehr und attraktive Nachlässe auf unseren Angebotsplattformen für Mitarbeitende
- Strukturierte Onboarding-Phase, klinikumseigene Akademie zum Ausbau der Fach-, Sozial- und Methodenkompetenz
- Gesundheitsvorsorge durch vielfältige Sportangebote

Wir wenden den Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) an, Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung vorrangig berücksichtigt. Da die Universität Tübingen eine Erhöhung des Anteils von Frauen beim wissenschaftlichen Personal anstrebt, werden Frauen nachdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben. Vorstellungskosten können leider nicht übernommen werden. Wir bitten um Beachtung der geltenden Impfregelungen. Die Anstellung erfolgt auf Grundlage der einschlägigen hochschulrechtlichen Bestimmungen.