Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d) (Bioinformatiker/in)

Wissenschaftlicher Mitarbeiter (gn*) Bioinformatik / Biotechnologie

Unbefristet | in Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden | Vergütung nach TV-L | Institut für Medizinische Mikrobiologie | Kennziffer 10348

Wir sind das UKM. Wir haben einen klaren gesellschaftlichen Auftrag und mit der Verbindung von Krankenversorgung, Forschung und Lehre eine besondere gesellschaftliche Verantwortung.

Damit wir unserem hohen Anspruch tagtäglich gerecht werden, freuen wir uns auf Deine fachliche Kompetenz im Institut für Medizinische Mikrobiologie - am besten mit DIR!

Aufbau einer Diagnostik-Infrastruktur zu „microbial cell free DNA sequencing“; Unterstützung bei der Etablierung neuer DNA-basierter Diagnostika
Aufbau einer Sequenzierplattform (Oxford Nanopore) zur schnellen Vorhersage von Antibiotikaresistenzen (z.B. Mycobacterium tuberculosis)
Vernetzung mit bestehenden Sequenzierplattformen an der Medizinischen Fakultät (z.B. Institut für Hygiene)
Etablierung einer Metagenomic-Plattform für Forschung und Routinediagnostik (Oxford Nanopore)
Vernetzung mit dem „Medical Data Integration Center“ (MeDIC) in Münster, um Patientendaten im Rahmen von KI-Projekten für die mikrobiologische Diagnostik nutzbar zu machen.

Abgeschlossenes Studium in Bioinformatik/Biotechnologie
Kenntnisse in Scriptsprachen wie z.B. Python und der Linux-Kommandozeile (Bash)
Erfahrung mit bioinformatischen Pipeline-Systemen wie Nextflow oder Snakemake wünschenswert
Erfahrung in der Auswertung von Next- oder Third-Generation-Sequencing-Daten wünschenswert
Gute Deutsch- und Englischkenntnisse
Motivation, Eigeninitiative und Verantwortungsbewusstsein

Attraktiver Arbeitsplatz an der Schnittstelle zwischen Patientenversorgung und Forschung
Mitarbeit in einem interdisziplinären Team und in enger Kooperation mit externen Kooperationspartnern
Möglichkeit, einen zukunftsträchtigen und innovativen Bereich in der molekularen Diagnostik zu gestalten und aufzubauen.

BESTE BEDINGUNGEN:

Spannende Projekte
Fort- und Weiterbildung
Interdisziplinäre Zusammenarbeit
Teil der Forschungsinnovation
Weitere Vorteile

Bioinformatiker (gn*) Klinik für Medizinische Genetik Zunächst befristet auf 5 Jahre | In Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden | Vergütung nach den Bestimmungen des TV-L bis E13 | Klinik für Medizinische Genetik | Kennziffer 10131

Wir sind das UKM. Wir haben einen klaren gesellschaftlichen Auftrag und mit der Verbindung von Krankenversorgung, Forschung und Lehre eine besondere gesellschaftliche Verantwortung.

Damit wir unserem hohen Anspruch tagtäglich gerecht werden, freuen wir uns auf Deine Expertise für den Aufbau des Modellvorhabens Genomsequenzierung – am besten mit DIR!

Die Klinik für Medizinische Genetik ist Teil des Centrums für Medizinische Genetik, zu dem auch das Institut für Reproduktionsgenetik gehört. Wir behandeln Patienten aus dem gesamten Spektrum humangenetischer Fragestellungen und führen zugehörige Analysen nach modernstem Stand der Technik durch.

Seit über 10 Jahren betreiben wir ein selbstentwickeltes System, das eine elektronische Patientenakte (EPA) und ein Laborinformationssystem (LIMS) umfasst. Das webbasierte System umfasst außerdem die Auswertung von Next-Generation-Sequencing-Daten und wird sowohl in der Krankenversorgung als auch in der Forschung eingesetzt.
Im Rahmen des Modellvorhabens Genomsequenzierung verstärken wir unser Team für die bioinformatische Analyse von Genomdaten, wobei wir sowohl „short read“ als auch „long read“ auf den modernsten Sequencern (Illumina X Plus/PacBio Revio) sequenzieren.

VERANTWORTUNGSVOLLE AUFGABEN:

- Entwicklung und Implementierung von Algorithmen und Pipelines sowie Auswertung von Genom-Sequenzdaten inkl. Methylomdaten (u. a. Assemblierung und Annotation)
- Tätigkeiten an der Schnittstelle zwischen Forschung und Diagnostik
- Vielseitige, interessante und abwechslungsreiche Tätigkeiten in einem multidisziplinären, kollegialen und engagierten Team

ANFORDERUNGEN:

- Abgeschlossenes Studium der Informatik, Bioinformatik oder einer verwandten Fachrichtung; Promotion wünschenswert
- Umfangreiche Erfahrung mit der Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten
- Umfangreiche Programmierkenntnisse (z. B. Python oder R)
- Verantwortungsbewusstes, kollegiales und ergebnisorientiertes Arbeiten
- Motivation und das Interesse an einem spannenden Aufgabenspektrum im medizinischen Bereich

Rückfragen an: Prof. Dr. med. Frank Tüttelmann, T 0251 83-54888.

Jetzt bis zum 15.01.2025.

Weitere Informationen findest Du hier:

- Klinik für Medizinische Genetik
- Centrums für Medizinische Genetik
- Institut für Reproduktionsgenetik

BESTE BEDINGUNGEN:

Spannende Projekte

Fort- und Weiterbildung

Interdisziplinaere Zusammenarbeit

Teil der Forschungsinnovation

Vieles mehr ...

- Spannende Projekte
- Fort- und Weiterbildung
- Interdisziplinäre Zusammenarbeit
- Teil der Forschungsinnovation
- Weitere Vorteile

(*gn=geschlechtsneutral)

Das UKM unterstützt die Vereinbarkeit von Beruf und Familie und ist daher als familienbewusstes Unternehmen zertifiziert. Es besteht grundsätzlich die Möglichkeit der Teilzeitbeschäftigung. Im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften werden Frauen sowie Schwerbehinderte bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt. Aufgrund der gesetzlichen Vorgaben gemäß Masernschutzgesetz ist eine Tätigkeit bei uns nur mit vollständigem Impfschutz gegen Masern möglich.

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