Wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (m/w/d) im Bereich Bioinformatik (Bioinformatiker/in)

“Research for a life without cancer" is our mission at the German Cancer Research Center. We investigate how cancer develops, identify cancer risk factors and look for new cancer prevention strategies. We develop new methods with which tumors can be diagnosed more precisely and cancer patients can be treated more successfully. Every contribution counts – whether in research, administration or infrastructure. This is what makes our daily work so meaningful and exciting.

In collaboration with the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Heidelberg, the Junior Research Group "Genome Instability in Tumors" headed by Dr. Aurélie Ernst is offering a Postdoc Position in Computational Cancer Biology (ERC funded).

We are looking for a postdoctoral scientist (bioinformatics / computational biology) to work on chromosome instability in space and time and understand the early stages of cancer development, using data from single-cell multiome and spatial profiling in the brain and the colon. The project is funded through the ERC "Unstable Genome".

The position is co-supervised by Wolfgang Huber at EMBL and Dr. Aurélie Ernst at DKFZ.
The Huber group develops statistical and machine learning methods for modern biotechnologies, applies them to biological discovery, and translates them into reusable tools (https://www.huber.embl.de/)
The Ernst group aims at elucidating how chromosome instability leads to massive genome rearrangements and deciphering implications for cancer patients.
More information can be found at (https://https://www.dkfz.de/en/genominstabilitaet-in-tumoren/index.php) https://www.dkfz.de/en/genominstabilitaet-in-tumoren/index.php (https://https://www.dkfz.de/en/genominstabilitaet-in-tumoren/index.php) .

Your Tasks

As part of the research team, you will participate in the overall project and shape your own research profile in one or several of the following areas:

- Integrative data analysis for biological discovery
- Single-cell multiome data analysis at ultra-large scale (>100 000 cells per donor)
- Spatial transcriptomics
- Clonal evolution and phylogeny
- Copy-number changes and complex rearrangements and their impact on the transcriptome at single-cell resolution
- Clone fitness and selection, interactions between tumor cells and the microenvironment
- Data science, quality assurance, advanced visualization and model checking
- Develop scalable and robust software for scientific computing.

You will be able to contribute both to scientific discovery by analysis of primary data, and to the development of more broadly usable computational methods and tools.

Your Profile

You have a PhD relevant to computational biology, e.g., in bioinformatics, systems biology, or in statistics, physics, computer science with demonstrated interest in the life sciences. You have experience in scientific computing and are familiar with R/Bioconductor and/or Python for data science. In your application, please include links to prior research outputs such as software packages, data analysis notebooks, technical reports, PhD thesis.
A very good command of English is expected.

The position is available immediately. The initial term of employment is 3 years and may be extended up to a total of 5 years.

Interested candidate should submit their applications with a cover letter, curriculum vitae, publication list, and a brief description of current research interests and expertise (max 1 page) as one single PDF file via our online application tool and also send the documents by email to Wolfgang Huber ([email protected]).

We Offer

- Excellent framework conditions: state-of-the-art equipment and opportunities for international networking at the highest level
- Remuneration according to TV-L incl. occupational pension plan and capital-forming payments
- 30 days of vacation per year
- Flexible working hours
- Possibility of part-time work
- Family-friendly working environment
- Sustainable travel to work: subsidized Germany job ticket
- Our Corporate Health Management Program offers a holistic approach to your well-being
- Develop your full potential: access to the DKFZ International Postdoc Program and DKFZ Career Service with targeted offers for your personal development to further develop your talents

Are you interested?

Then become part of the DKFZ and join us in contributing to a life without cancer!

Contact:

Dr. Aurélie Ernst
Phone: +49 (0)6221/42-1512

​Duration: The position is initially limited to 3 years.

Application Deadline: 21.02.2025

Applications by e-mail cannot be accepted.

Please also note that we cannot return applications submitted by post.

We are convinced that an innovative research and working environment thrives on the diversity of its employees. Therefore, we welcome applications from talented people, regardless of gender, cultural background, nationality, ethnicity, sexual identity, physical ability, religion and age. People with severe disabilities are given preference if they have the same aptitude.

Notice: We are subject to the regulations of the Infection Protection Act (IfSG). Therefore, all our employees must provide proof of immunity against measles.

“Research for a life without cancer" is our mission at the German Cancer Research Center. We investigate how cancer develops, identify cancer risk factors and look for new cancer prevention strategies. We develop new methods with which tumors can be diagnosed more precisely and cancer patients can be treated more successfully. Every contribution counts – whether in research, administration or infrastructure. This is what makes our daily work so meaningful and exciting.

Our Next Generation Sequencing Core Facility, headed by Dr. Stephan Wolf, is seeking for the next possible date a Business Analyst Java, Test and Documentation Expert.

We are looking for a software developer or biologist with software development background to strengthen our team and support the development of our Laboratory Information and Management System (LIMS).

As a Core Facility within the DKFZ, we handle the entire genome sequencing workflow on state-of-the-art systems and are one of the largest facilities of this kind in Europe.

We offer an exciting and multifaceted role in an international and growing working environment, within a positively motivated team. You can expect a variety of challenges, interesting technologies, and the opportunity to contribute to research for a life without cancer.

Your Tasks

- Collaborate with laboratory staff and bioinformatics scientists to gather, analyze, and document software requirements
- Create and maintain comprehensive documentation for both existing and new software features
- Contribute to the development and maintenance of the Laboratory Information Management System (LIMS) using Java and SQL, from the initial planning phase through to implementation
- Design and execute test cases to ensure the interoperability of the LIMS software with laboratory devices, sequencing machines, HPC clusters, and petabyte-scale data storage

Your Profile

- Bachelor's degree in computer science, bioinformatics, biology or equivalent professional experience
- Fundamental knowledge of Java and a desire to further develop programming skills
- Basic understanding of SQL databases and/or HTML/CSS
- Experience in software testing and/or documentation writing
- Service-oriented and collaborative team player
- Strong communication skills in both German (B2) and English, with a willingness for interdisciplinary exchange
- Desirable: Knowledge about laboratory workflows and user-interface-design as well as interest in laboratory automation, bioinformatics or genome sequencing

Are you a self-motivated, goal-oriented, and diligent team player, with a friendly demeanor? We look forward to receiving your application!

We Offer

- Excellent framework conditions: state-of-the-art equipment and opportunities for international networking at the highest level
- 30 days of vacation per year
- Flexible working hours
- Remuneration according to TV-L incl. occupational pension plan and capital-forming payments
- Possibility of mobile work and part-time work
- Family-friendly working environment
- Sustainable travel to work: subsidized Germany job ticket
- Unleash your full potential: targeted offers for your personal development to further develop your talents
- Our Corporate Health Management Program offers a holistic approach to your well-being

Are you interested?

Then become part of the DKFZ and join us in contributing to a life without cancer!

Contact:

Melinda Rauh
Phone: +49 (0)6221/42-4438

​Duration: The position is initially limited to 2 years with the possibility of prolongation.

Application Deadline: 28.02.2025

Applications by e-mail cannot be accepted.

Please also note that we cannot return applications submitted by post.

We are convinced that an innovative research and working environment thrives on the diversity of its employees. Therefore, we welcome applications from talented people, regardless of gender, cultural background, nationality, ethnicity, sexual identity, physical ability, religion and age. People with severe disabilities are given preference if they have the same aptitude.

Notice: We are subject to the regulations of the Infection Protection Act (IfSG). Therefore, all our employees must provide proof of immunity against measles.

„Forschen für ein Leben ohne Krebs“ – das ist unsere Aufgabe am Deutschen Krebsforschungszentrum. Wir erforschen, wie Krebs entsteht, erfassen Krebsrisikofaktoren und suchen nach neuen Strategien, die verhindern, dass Menschen an Krebs erkranken. Wir entwickeln neue Methoden, mit denen Tumore präziser diagnostiziert und Krebspatient:innen erfolgreicher behandelt werden können. Jeder Beitrag zählt – ob in der Forschung, in der Administration oder der Infrastruktur. Das macht unsere tägliche Arbeit so bedeutungsvoll und spannend.

Gemeinsam mit universitären Partnern an sieben renommierten Partnerstandorten haben wir das Deutsche Konsortium für Translationale Krebsforschung (DKTK) gegründet.

Am DKTK Partnerstandort Freiburg haben wir ab sofort eine freie Stelle als Wissenschaftliche:r Mitarbeiter:in (m/w/d) im Bereich Bioinformatik.

Im Rahmen des DKTK spielen Joint Fundings eine zentrale Rolle. Diese Forschungsprojekte sind ein fester Bestandteil der wissenschaftlichen Arbeit in Freiburg und zeichnen sich durch die enge, standortübergreifende Zusammenarbeit innerhalb des DKTK aus.

Das Translationszentrum ist in den Räumlichkeiten des Instituts für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin des Universitätsklinikums Freiburg angesiedelt.

Ihre Aufgaben:

Die ausgeschriebene Tätigkeit umfasst die Entwicklung und Anwendung bioinformatischer Methoden zur Analyse und Integration heterogener Omics-Datensätze, wie Genomik, Transkriptomik und Mikrobiom-Daten. Ziel ist es, Biomarker und Krankheitsmerkmale zu identifizieren, die für die Diagnose, Patientenselektion und Therapieempfehlungen von Bedeutung sind. Ein Schwerpunkt liegt auf der Auswertung von Patienten- und Organoiddaten sowie der Korrelation von Mikrobiom-Daten mit Tumormerkmalen und molekularen Subtypen (z. B. CMS, MSI).

Zur Erfüllung dieser Aufgaben werden maschinelle Lernverfahren und statistische Modelle eingesetzt, um Krankheitsstadien, Signalwegaktivitäten und Biomarker zu charakterisieren und prädiktive Modelle zu entwickeln. Weitere Tätigkeiten umfassen die Nutzung von Zelltypdekonvolutionstools zur Analyse der Tumormikroumgebung und die enge Zusammenarbeit mit interdisziplinären Teams, beispielsweise in molekularen Tumorboards, um translationale Ansätze in der Krebsforschung voranzutreiben.

Abgerundet wird das Aufgabenprofil durch die Validierung von Biomarkern und Modellen an unabhängigen Datensätzen sowie die Entwicklung strategischer Ansätze zur gezielten mikrobiellen Bekämpfung, die langfristig zur Prävention und Therapie von Krebserkrankungen beitragen könnten.

Ihr Profil:

- Abgeschlossenes Studium in einer Naturwissenschaft (z. B. Bioinformatik, Physik, Informatik, Mathematik)
- Erfahrung in der Bioinformatik (Auswertungen von Sequenzierungsdaten aller Art, insbesondere DNA-Seq, RNA-Seq, Proteomik, Mikrobiomik)
- Kenntnisse in der Analyse und Interpretation von Mikrobiom-Datensätzen
- Erfahrung im Anwenden von Methoden der künstlichen Intelligenz
- Interesse an biologischen / medizinischen Fragestellungen und Bereitschaft zu interdisziplinärer Arbeit
- Schnelle Auffassungsgabe und selbstständiges Arbeiten
- Umfassende Kenntnisse in wissenschaftlicher Programmiersprache (z. B. R, Python)
- Ausgeprägte Kommunikationsstärke sowie Organisations- und Teamfähigkeit
- Selbstständige und zielorientierte Arbeitsweise, Zuverlässigkeit und die Bereitschaft, Neues zu lernen
- Deutsche und englische Sprachkenntnisse

Unser Angebot:

- Hervorragende Rahmenbedingungen: modernste state-of-the-art Infrastruktur und Möglichkeit zum internationalen Austausch auf Spitzenniveau
- 30 Tage Urlaub
- Flexible Arbeitszeiten
- Vergütung nach TV-L inkl. betrieblicher Altersvorsorge und vermögenswirksamer Leistungen
- Möglichkeit zur mobilen Arbeit und Teilzeitarbeit
- Familienfreundliches Arbeitsumfeld
- Nachhaltig zur Arbeit: Vergünstigtes Deutschland-Jobticket
- Entfalten Sie Ihr volles Potenzial: gezielte Angebote für Ihre persönliche Entwicklung fördern Ihre Talente
- Unser betriebliches Gesundheitsmanagement bietet ein ganzheitliches Angebot für Ihr Wohlbefinden

Sie sind interessiert?

Dann werden auch Sie Teil des DKFZ und tragen gemeinsam mit uns zu einem Leben ohne Krebs bei!

Ihre Ansprechperson:
Miriam von Scheibner
Telefon: +49 (0)761/270-84673

​Befristung: Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet. Eine Verlängerung ist möglich.

Bewerbungsschluss: 25.02.2025

Bewerbungen per E-Mail können leider nicht angenommen werden. ​

Wir sind davon überzeugt: ein innovatives Forschungs- und Arbeitsumfeld lebt von der Vielfalt seiner Beschäftigten. Daher freuen wir uns über Bewerbungen von talentierten Menschen, unabhängig von Geschlecht, kulturellem Hintergrund, Nationalität, ethnischer Zugehörigkeit, sexueller Identität, körperlichen Fähigkeiten, Religion und Alter. Menschen mit Schwerbehinderung werden bei gleicher Eignung bevorzugt.

Hinweis: Wir unterliegen den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes (IfSG). Deshalb müssen alle unsere Beschäftigten einen Immunitätsnachweis gegen Masern vorlegen.